Ionbytning bruges i vid udstrækning til vandbehandling i både industrielle og kommunale vandbehandlingssystemer. Processen giver mange fordele i forhold til andre behandlingsmetoder. Det er miljøvenligt, kan levere høj strømningshastighed af behandlet vand og har lave vedligeholdelsesomkostninger. Sammen med disse fordele er der visse ulemper forbundet med ionbytning, såsom calciumsulfatfouling, jern tilsmudsning, adsorption af organisk stof, organisk kontaminering fra harpiksen, bakteriel kontaminering og klor forurening.
Den mest almindelige regenerant (kemikalie, der bruges til at genoplade harpiksen), der anvendes til kationharpiks, er svovlsyre. Noget ekstremt hårdt vand indeholder store mængder calcium, og når dette calcium reagerer med den regenererende svovlsyre, danner det calciumsulfat som et bundfald under regenereringsprocessen. Dette bundfald kan ødelægge harpiksperlerne og blokere rørene i karret.
Fodervand fra de underjordiske vandboringer har opløseligt jern i form af jernholdige ioner. Små mængder af dette jern fjernes af ionbytterblødgøringsmidlerne, men hvis dette fødevand kommer i kontakt med luft inden behandling, omdannes jernholdige ioner til jernioner. Disse jernioner udfældes som jernhydroxid efter omsætning med vand. Denne forbindelse kan tilstoppe harpiksperlerne og påvirke harpikseffektiviteten. Dette kan endda resultere i svigt i blødgøringssøjlen.
Fodervand fra søer og floder indeholder normalt store mængder opløst organisk materiale. Den gule eller brune farve på dette fødevand skyldes den forfaldne vegetation og andet organisk materiale, der findes i det. Disse organiske stoffer kan adsorberes permanent inden i harpiksperlerne, hvilket resulterer i reduceret harpikseffektivitet. Den behandlede vandkvalitet forringes således. Disse organiske forureninger kan fjernes før behandling med harpiks ved at behandle fødevandet med alun for at udfælde det organiske materiale.
Selve ionbytterharpiksen kan undertiden blive kilden til organisk forurening. Den nye ionbytterharpiks har ofte organiske elementer tilbage i harpiksperlerne efter fremstilling. En sådan forurening af harpiksen kan behandles ved at føre det behandlede vand gennem et ultrafiltreringsbehandlingsanlæg.
Ionbytterharpikser fjerner ikke mikroorganismer som bakterier fra fødevandet, men hjælper undertiden med bakterievæksten. Harpiksbundene kan akkumulere organisk materiale, der tjener som kilde til næringsstof til fortsat vækst af bakterier. Når der kræves sterilt vand efter behandlingen, skal det demineraliserede vand produceret af ionbytteranlægget behandles ved varme, ultraviolet bestråling eller meget fin filtrering. Ionbytterharpikssenge kan også behandles med desinfektionsmidler som formaldehyd, men ikke med varme eller klor, da de vil beskadige harpiksen.