I modsætning til søer og damme er floder åbne systemer, hvor hyppig vandudveksling forekommer. På trods af dette kræver de organismer, der er afhængige af floder, en vis ligevægt. Forskellige indikatorer giver et mål for en flods kvalitet. Disse målinger inkluderer opløst ilt, temperatur og pH, som er et mål for hydrogenionkoncentrationen.
Skalaen til måling af pH går fra 0 til 14 med 7 eller under, hvilket repræsenterer et surt miljø, og en aflæsning over 7 indikerer et alkalisk miljø.
En undersøgelse, der blev offentliggjort i tidsskriftet Nature, forbandt direkte syreindhold i norske floder og søer til sur regn, der decimerer den lokale laks- og ørredbestand.
Lavt pH-niveau forårsager fiskedræbning ved at understrege dyresystemer og forårsage fysisk skade, hvilket igen gør dem mere sårbare over for sygdomme.
Andre eksterne faktorer, der kan forårsage udsving i flodens pH, inkluderer afstrømning i landbruget, sur mine dræning (AWD) og emissioner af fossile brændstoffer såsom kuldioxid, som skaber en svag syre, når den opløses i floden vand.
Test af pH-niveauer angiver surhedsgraden eller alkaliniteten i en prøve. Floder har en vis kapacitet til at forhindre ændringer i pH ved flodbundens struktur og sammensætning. Imidlertid kan drastiske ændringer i pH have skadelige virkninger på flodens sundhed.