Malaysia er kendt for sin biodiversitet og er hjemsted for 15.000 blomstrende planter. Imidlertid er nationens flora og fauna under alvorlig trussel og har oplevet en udtømning af den oprindelige vækst på 70 procent. Ifølge International Union for Conservation of Nature (IUCN) rødliste har Malaysia 686 truede plantearter fra 2007. Malaysiske love beskytter fugle, pattedyr og insekter. Flora og fauna er kun beskyttet, hvis de vokser i en nationalpark eller reserve.
De vigtigste skovtyper i Malaysia er Giam Kanching eller sjælden dipterocarpskov, mangroveskov, tørvesumpskov og montanisk ericaceous skov, ifølge Worldwide Wildlife Fund. Dipterocarp-træet, kendt for sin frugt med tovingede frø, vokser på land, der ligger lige over havets overflade til en højde på ca. 900 meter. Lavland dipterocarp skove, der findes op til 300 meter over havets overflade, er blevet decimeret på grund af landbrug og andre jordintensive aktiviteter. Mens en lomme af dipterocarp-træer er beskyttet i Kanching Forest Reserve, betragtes denne art som kritisk truet - på randen af udryddelse - på den røde liste.
Denne kødædende tropiske plante vokser kun i mosede skove i en højde på 2.000 til 2.600 meter på Mount Trus Madi i Borneo. Nepenthes macrophylla har kandeformede blade, der dingler fra ti meter lange vinstokke. Insekter glider fra den voksagtige top af blomsten i en syrebassin, der udskilles af kirtler i den nedre del af blomsten, ifølge ASEAN Review of Biodiversity & Environmental Conservation. IUCNs rødliste har kategoriseret Nepenthes macrophylla som kritisk truet.
Taxitheliella richardsii betragtes som kritisk truet på rødlisten og er en mos i Sematophyllaceae-familien og hjemmehørende i Malaysia. Det eneste kendte område (mindre end 10 km²), hvor mosen er fundet, er i Sarawak, en malaysisk stat nord for Borneo. Taxitheliella richardsii vokser på træagtige vinstokke og rådnede træstammer i subtropiske skove, et levested, der forsvinder på grund af træhøstning og skovhugst.