Eukaryoty jsou jakýkoli druh organismů, které mají složité buňky, které zahrnují mitochondrie, jádra a další buněčné části. Tři hlavní buněčné skupiny jsou houby, rostliny a zvířata. Mnoho hub souvisí s rostlinami pouze povrchně. Mohou vypadat poněkud jako rostliny a mají buněčné stěny podobné buněčným stěnám rostlin, ale existuje phrenologický strom, který ukazuje, jak mohou houby více souviset se zvířaty než s rostlinami. Protože zvířata mají v evoluční historii blíže houbám než rostlinám, dalo by se říci, že houba je člověku bližší „příbuznosti“ než zelenině na salátovém baru.
Protein
Proteinové sekvence hub jsou více podobné zvířatům než rostlinám. Například buněčný slizovitý protein vypadá spíše jako živočišný protein než rostlinný. Délka ribozomů v houbách ukazuje aminokyselinu podobnou svalu. Ve skutečnosti existuje několik aminokyselinových sekvencí, které jsou podobné proteinům těžkého řetězce u savců. Jedna z těchto aminokyselin je z 81 procent totožná s lidskou aminokyselinou.
Chlorofyl
Rostlinná celulóza je jiná než fungální celulóza. Při rentgenovém snímkování je rostlinná celulóza krystaličtější než fungální celulóza. Houby i zvířata neobsahují chloroblasty, což znamená, že ani houby, ani zvířata nemohou zpracovávat fotosyntézu. Chlorofyl vytváří rostliny zeleně a zajišťuje výživu rostlin. Naproti tomu houby vstřebávají živiny z rozkládajícího se rostlinného materiálu pomocí enzymatického procesu a zvířata přijímají potravu.
Chitin
Houby a zvířata obsahují polysacharidovou molekulu zvanou chitin, kterou rostliny nesdílejí. Chitin je komplexní sacharid používaný jako strukturní složka. Houby používají chitin jako strukturní prvek v buněčných stěnách. U zvířat je chitin obsažen v exoskeletu hmyzu a v zobácích měkkýšů. Chitin funguje podobně jako rostlinná celulóza, ale chitin je silnější. Studie provedené na polysacharidech hub ukázaly, že přidání alkálie obsahující dusík zničilo houby a vyprodukovalo kyselinu octovou. K těmto chemickým reakcím u rostlinných polysacharidů nedošlo.
Houby nejsou řasy
Řasy jsou nejjednodušší a nejprimitivnější rostliny. V roce 1955 Dr. George W. Martin dospěl k závěru, že houby pocházejí z řas, které ztratily chlorofyl. Martinova hypotéza však neuvažovala o tom, že by atmosférické podmínky mohly být na počátku života jiné, než jaké byly v roce 1955. Martin také nevzal v úvahu, že bakterie vázající dusík mohly existovat ještě předtím, než se vyvinuly rostliny, které mohly být použity jako zdroj potravy pro houby. V roce 1966 Dr. A.S. Sussman poznamenal, že zatímco houby vypadají povrchně jako řasy, existují aspekty hub, jako jsou buněčná jádra a organizace, které nelze vysvětlit.
Steroly
Někteří biologové uvedli, že živočišné a houbové steroly se liší, proto houby nemohou být podobné zvířatům. Zvířata produkují cholesterol, zatímco houby produkují ergosterol. Při bližším zkoumání obsahují houbové i živočišné steroly lanosterol, zatímco fytosteroly v zelených rostlinách obsahují cykloartenol.
Jeho vlastní kategorie?
Možná, že houby nepocházejí z rostlin ani z jednobuněčných zvířat. Někteří biologové tvrdí, že houby jsou fylogeneticky odlišné od všech ostatních eukaryot. Houby se zdají být jedinečné v tom, že samy vyžadují faktor prodloužení translace s názvem EF-3. Existují některé proteinové aktivity, které jsou nezbytné pro prodloužení translace in vivo.