Jehličnaté stromy se vyznačují dvěma typy kuželů: pylovým kuželem a semenným kuželem. Některé jehličnany mají oba typy kuželů na stejném stromu, což umožňuje stromu opylovat se. Křížové opylování nastává, když jeden strom produkuje pouze semenné kužely, a proto musí být oplodněn pylem unášeným na kužely semen z pylových kuželek umístěných na jiných blízkých stromech.
Pylové šišky jsou charakteristicky menší a širší než šišky. Pyl kužely mají tendenci se kam a zemřít, jakmile byl uvolněn pyl v šiškách k oplodnění kužele semen. V klidové fázi může být jehličnatý pupen mužský, ženský nebo vegetativní. Rozlišování mezi typy pupenů v této fázi je možné pouze pitvou. Jedním vodítkem, které může pomoci při identifikaci pylového kužele, je jeho umístění. Semenné kužely mají tendenci se vyvíjet výše na stromě, aby napomohly rozptýlení, jakmile jsou semena opylována.
Semenné kužely se běžně používají k identifikaci typu stromu, protože zůstávají na stromě nebo pod ním po delší dobu. Štíhlá pupenová semena pupeny bobtnají po dobu čtyř až šesti týdnů, dokud se začnou objevovat vejčité šupiny s červeným nebo zeleným hrotem. Váhy mají tendenci skládat se vzpřímeně od základny kužele a poté klesnout dolů po přijetí pylu z pylových kuželů, aby zahájily vývoj semen a signalizovaly zralost kužele.
Některé jehličnany nemají ani pyl, ani šišky. Místo toho strom produkuje ovoce, které částečně pokrývá semena. Kanadský tis je příkladem jehličnanu produkujícího jehličnan, který obsahuje masitý obal, který obsahuje semena stromu. Aby se zabránilo nadměrné ztrátě osiva v důsledku dravců zvířat a ptáků, kteří by se chtěli živit plody tisu, tento strom se přizpůsobil tak, že jeho plody jsou toxické a semena jsou ponechána nerušený.
Jehličnany nesoucí šišky nebo pinophyta jsou klasifikovány jako gymnospermy (nahá semena), protože jejich vajíčka a semena nejsou uzavřena ve vaječnících ani se nenacházejí v ochranných ovocných obalech. Pokud má jehličnan na stejném stromě jak pyl, tak semeno, je dále klasifikován jako diploidní sporofyt. Jakmile se semena vytvoří poté, co dojde k opylování, otevřou se šupiny kužele a uvolní semena k disperzi vodou, větrem a pohybem člověka a zvířat.