Přestože přírodní síly mohou zvířecí populaci zničit nebo napnout, stále více činností člověka způsobovalo ohrožení velkého počtu zvířat. Je pravda, že některá zvířata a rostliny, zejména domestikované, jako jsou plodiny, hospodářská zvířata a domácí mazlíčci, měly prospěch a dokonce vzkvétaly ze změn, které člověk ve světě provedl. Některé populace zvířat však byly v důsledku těchto změn vystaveny obrovskému tlaku a populace v některých případech klesají na výrazně nižší úrovně. Malé populace nebo organismy s omezenou distribucí jsou extrémně citlivé na způsobující faktory ohrožení, ať už se člověk spoléhá na obvyklý význam slova nebo definici ohroženého druhu ztělesněnou v federální zákon.
Ztráta stanoviště
Jednou z nejvýznamnějších příčin ohrožených zvířat je ztráta přirozeného prostředí. Zatímco stanoviště může být ztraceno v důsledku přírodních sil (klimatické posuny, geologické změny), většina dnes ztraceného stanoviště je způsobena lidskou činností. Stavba přehrad, dálnic, kanálů, urbanizace a zemědělství dramaticky ovlivňuje obyvatele původních ekosystémů. I když části ekosystému zůstávají nedotčené a vytvářejí „ostrovy“, výsledný biotop může být příliš malý nebo příliš široce rozptýlený, aby podporoval určitý druh.
Invazivní druhy
Invazivní druhy jsou jedním z klíčových biotických důvodů ohrožení zvířat. Mnoho druhů přicházejících do nového ekosystému je špatně přizpůsobených a rychle odumírají. Některé druhy jsou však schopny využívat ekosystém na úkor původních organismů. Malé ekosystémy, jako jsou ty na ostrovech, jsou zavedením invazivních druhů výrazně ovlivněny dokonce i původní kontinentální a oceánské populace mohou být zničeny konkurencí nebo predací ze strany vetřelec.
Nadměrné využívání zdrojů
Nadměrný rybolov konkrétního druhu ryb je zjevnou a přímou příčinou ohrožení zvířete. Oversploitaci konkrétního druhu však mohou poškodit (nebo prospět) také jiné organismy v ekosystému. Například vedla obava, že kalifornská mořská vydra devastovala abalonskou populaci nevybíravé zabíjení vydry mořské, které mění rovnováhu mezi biotickou konkurencí mezi několika organismy. Redukce mořských vydry vedla k výbuchu v populaci mořských ježků, kteří se pásli na pevném půdě řasy. Když se řasa uvolnila ze dna a vyplavila se na břeh, byly organismy, které závisely na řasových lesích, vystaveny většímu namáhání.
Patogeny a nemoci
Šíření domestikovaných zvířat také rozšířilo nemoci s nimi spojené do nových oblastí světa. V některých případech tato onemocnění infikovala původní populace, které měly malou odolnost vůči napadajícímu patogenu. Tyto nemoci mohou dosáhnout epidemické úrovně v původní populaci a decimovat jejich počet.
Znečištění životního prostředí
Znečištění v mnoha formách ohrozilo mnoho zvířat. Pesticidy a jiné chemikálie zavedené do ekosystému mohou významně poškodit necílené druhy. Například DDT používaný k boji proti komárům byl nakonec spojen s poklesem reprodukční rychlosti ptáků. Jiné formy znečištění, jako je tepelné, světelné a hlukové znečištění, mohou snížit míru přežití místních populací zvířat.