Основният ефект от унищожаването на местообитанията е намаляването на биологичното разнообразие, което се отнася до разнообразието и изобилието от различни видове животни и растения в определена обстановка. Когато животното загуби естествения дом или местообитание, от което се нуждае, за да оцелее, броят му бързо намалява и то се насочва към изчезване. Смята се, че 14 000 до 35 000 вида са изложени на риск да изчезнат, а унищожаването на местообитанията е една от основните причини.
Опрашване и разпръскване на семена
Както дивите, така и селскостопанските растения зависят от опрашването за размножаване. Плодовете и зеленчуците, ключови компоненти на човешката диета, зависят от пчелите и другите насекоми, за да прехвърлят прашец от цвете на цвете. Когато унищожаването на местообитанията намалява сортовете на тези опрашители, реколтата също намалява. Например, безжилните пчели в Коста Рика, които гнездят само в горите, увеличават добива в плантациите за кафе, разположени в близост до горски петна с 20 процента. Много растения разчитат и на животни, особено тези, които ядат плодове, за разпространение на семената. Унищожаването на местообитанието на животните от този тип може сериозно да засегне растителните видове, които зависят от тях.
Регулиране на климата
Биоразнообразието влияе върху климата главно чрез регулиране на количеството въглероден диоксид в атмосферата. Унищожаването на горските местообитания намалява способността на горите да абсорбират въглероден диоксид. Скоростта на растеж и дървесността на растението определя скоростта на въглеродния оборот в него. Моделите на ландшафта също са важни, тъй като улавянето на въглерод е намалено по краищата на горските фрагменти. Морските екосистеми също играят значителна роля за улавянето на въглерод.
Контрол на вредителите и болестите
Вредителите често са насочени към определени видове растения. Когато местообитанията са унищожени и растителното разнообразие е намалено, околната среда съдържа повече от определен вид растения. Това улеснява разпространението на вредителите. Растителното разнообразие осигурява местообитания за по-голямо разнообразие от насекоми и други животни и за естествените врагове на вредителите. Гъбичните болести по растенията са по-тежки в районите за монокултури, където се отглежда един вид култури.
Косвени ефекти
Производството на храна, облекло и подслон за хората зависи по много косвени начини от биологичното разнообразие на екосистемите. Голямото разнообразие на селскостопанските култури предпазва фермерите от липса на реколта. Унищожаването на местообитанията и намаляването на видовото разнообразие може да направи екосистемите по-уязвими към инвазивни видове и косвено да засегне човешкото здраве и благосъстояние. Ефектът от инвазивните видове се илюстрира от това, което се случи, когато басът беше въведен в езерото Гатун, Панама. Наличието на бас е довело до намаляване на хищниците на ларвите на комарите и увеличаване на честотата на малария.