Въпреки че дълбоката, тъмна среда на пещерите изглежда сякаш никога не би могла да поддържа растителния живот, някои видове флора процъфтяват в тази среда. Пещерите са влажни и имат постоянна температура, екология, която е идеална за растения като гъби, мъхове и водорасли. Растенията могат дори да растат в електрическите светлини, които хората носят със себе си за проучване на пещерите.
Пещерни зони
Пещерите са разделени на три зони: вход, здрач и тъмнина. Входната зона все още има достатъчно светлина, за да поддържа много видове растения като дървета и треви. В зоната на здрача малко светлина е в състояние да проникне, но това не е достатъчно, за да поддържа повечето видове растителен живот. Някои растения обаче са в състояние да оцелеят в тази зона, например мъхове и папрати. Тъмната зона няма естествена светлина и може да поддържа само най-издръжливите растения като гъбички и водорасли.
Растения в зоната на здрача
С намаляването на количеството светлина размерът и сложността на растителния живот също намаляват. Така че, докато във входната зона могат да растат цъфтящи растения, зоната на здрача обикновено е маркирана с мъхове и папрати. Растенията, които живеят в този регион на пещерата, са разработили адаптации, които им позволяват да живеят в такива условия на слаба светлина. Една такава адаптация е, че техните хлоропласти, улавящите слънчева светлина молекули в растението, се събират на ръба на клетката, който е най-близо до източника на светлина.
Растения в тъмната зона
Въпреки че в тъмната зона почти няма светлина, растенията все още могат да растат. По-специално, гъбичките умело живеят в тези тъмни места. Гъбите процъфтяват особено добре, защото пещерите са пълни с богато на хранителни вещества гуано прилеп, идеална почва за гъби. Водораслите могат да живеят и в най-тъмните части на пещерите. Вместо да използват фотосинтеза, тези водорасли могат да използват различен метаболитен път, за да произвеждат своята енергия.
Lampenflora
Растенията могат да растат и в пещери, оборудвани с електрически светлини. Тези растения, известни като lampenflora, са с по-малко жив цвят и донякъде обезобразени. Обикновено ламффлората са мъхове, папрати и водорасли. В пещерите, които постоянно се осветяват с лампи, тези инвазивни растения могат да създадат проблеми на естествената структура на пещерата или на каквито и да било праисторически стенни изкуства. Поради вредния си характер, ламффлората обикновено се контролира чрез физични, химични и биологични методи.