Пустините съдържат различни гъбички. Някои колонии от пустинни гъби могат да живеят милиони години, като удължават процеса на развитие. Други създават симбиотични взаимоотношения с други организми, за да осигурят оцеляване. Гъбичките в пустинята могат да лежат в латентно състояние в пустинната почва, докато не бъдат нарушени, след което да атакуват с токсични спори, които причиняват сериозни заболявания. Някои видове пустинни гъби могат да рисуват пустинни платна с петна от ярки цветове.
Лишеи
Лишайниците, известни като „пионерски растения“, са малки организми, които могат да издържат на сурова, гореща и студена среда и суша. Тялото на лишеите или талусът е съставено от водорасли и гъби, които растат заедно в симбиотична връзка. Клетките от водорасли осигуряват хранителни вещества за гъбата, а гъбата предпазва водораслите от атмосферни условия.
Лишайниците могат да растат на необичайни повърхности като пясък, скали, пръст, животински кости и ръждясал метал. Лишеите растат в множество цветове като нюанси на червено, оранжево, жълто, зелено и кафяво. На един камък могат да растат повече от дузина видове гъби.
Известни са приблизително 15 000 вида лишеи. Някои лишеи, като корави лишеи (подобна на кора гъба) могат да живеят стотици или хиляди години поради бавен темп на растеж. По скалите могат да се развият крустообразни лишеи. Някои лишеи са застрашени, тъй като замърсеният въздух и дъждовната вода могат да унищожат клетките на водораслите, убивайки партньора от гъбичките.
Микоризи
Микоризите са гъбични растителни системи, които развиват симбиотична връзка с корените на растенията. Корените осигуряват необходимите хранителни вещества и място за гъбичките, за да прикрепят своите нишки. Гъбите предпазват растението от нападения като патогени и техните нишки работят като коренова система, за да помогнат на растението да получи допълнителна вода и хранителни вещества. След като връзката се развие, растението може да зависи от Mycorrhizae, когато хранителните му вещества бъдат преустановени.
Микоризите се делят на два вида - ектомикоризи и ендомикоризи. Ектомикоризите произвеждат покритие около корените на растението. Покритието израства хифи (нишковидни съставки на тялото на гъбата) в корените, след това в почвата. Нишките на Endomycorrhizae растат в клетките и след това в почвата. Гъбата подобрява устойчивостта на суша, имунитета срещу болестите и усвояването на хранителни вещества за растението гостоприемник.
Гъби
Podaxis, или пустинята рошава грива, се намира в пустинята Сонора и други пустини по целия свят. Podaxis е свързан с гъбите от семейство Agaricaceae. Гъбичките наподобяват надуване; той е дървесен и влакнест. Плодното тяло на Podaxis извира от пустинни почви, песъчливи почви и крайпътни пътища след дъждовни сезони. Ако обаче не дойде дъжд, плодното тяло няма да излезе. Pileus (капачката) остава затворена по време на процеса на развитие, за да предпази плодородната тъкан, хрилете и двустенните спори от изсъхване.
Кокцидиоиди
Родът Coccidioides е почвена гъба, състояща се от два вида - Coccidioides immitis и Coccidioides posadasii. И двата вида се срещат в пустинните почви на Северна и Южна Америка. Всеки вид създава хифи и спори в почвата. Когато почвата, съдържаща спорите, се наруши от хората или от естествени нападения като прашни бури, спорите стават във въздуха. Вдишването на спори може да причини незаразна гъбична инфекция, наречена кокцидиодомикоза или долинна треска. В редки случаи, ако безброй спори от двата вида се вдишат, това може да бъде фатално.