Вкаменелостите се запазват по два основни начина: с и без промяна. Консервацията с промяна включва карбонизация, вкаменяване, рекристализация и заместване. Съхранението без промяна включва използването на плесени и събирането на непреки доказателства.
Карбонизация
Карбонизацията често се случва при опазването на растенията и меките организми. Останките от растението или животното се смачкват под тежестта на скалата. Газовете, включително водород, азот и кислород, се отделят чрез процеса на топлина и компресия. Това, което остава след себе си, е въглероден филм, впечатление от предишното живо същество.
Вкаменяване
Понякога наричано перминерализация, вкаменяване се получава, когато порест материал като кост или обвивка се напълни с консервиращ материал като калциев карбонат или силициев диоксид. Оригиналната черупка или кост се заравя под земята и водата прониква на повърхността. Подземните води съдържат калциевия карбонат, който запълва празните пространства в материала, който с времето се втвърдява и запълва порите, пълни с минерали, които запазват предмета.
Прекристализация
Прекристализацията често се случва в вкаменелости на черупки и е процесът, при който малката молекула кристализира вътре в черупката, често образувана от един вид калциев карбонат, може да се трансформира в друг вид калций карбонат. Това стабилизира черупката и я превръща във вкаменелост.
Замяна
Среща се както в черупчести, така и в дървесина, заместването е, когато атомният състав на първоначалното живо същество е заменен от клетка от клетка от нова химическа структура. Обикновено химичното вещество, което замества оригинала, се определя от подпочвените води, в които се намира вкаменелостта. Често срещан тип заместване е отделянето. Това е, когато първоначалните живи останки се заменят със силициев диоксид, както в случая на вкаменените гори.
Кастинг
Леенето и формоването са непряк начин за запазване на вкаменелостите. В този случай косвено означава, че химичният състав на органичното вещество не се променя, а по-скоро се полага във вещество, което създава впечатление за материята. Общите примери включват отливки от листа на папрат и черупки от охлюви.
Проследяване на вкаменелости
Проследяване на вкаменелости са друг вид непряко съхранение на вкаменелости. Примери за следи от вкаменелости са отпечатъци и следи. Динозаврите и другите праисторически животни се движеха през подлеса и по горната почва, която по-късно беше покрита с други отломки. В някои случаи следите им са запазени и могат да бъдат изкопани и изрязани от земята. Друг пример за следи от вкаменелости е животински тор. Запазеният, вкаменен тор се предоставя на експерти по изкопаеми с доказателства за древни източници на храна и структурата на праисторическата храносмилателна система.