Известна със своето биоразнообразие, Малайзия е дом на 15 000 цъфтящи растения. Флората и фауната на страната обаче са под сериозна заплаха и са претърпели 70% изчерпване на първоначалния растеж. Според Червения списък на Международния съюз за опазване на природата (IUCN), Малайзия има 686 застрашени растителни вида към 2007 г. Малайзийските закони защитават птиците, бозайниците и насекомите. Флората и фауната са защитени само ако растат в рамките на национален парк или резерват.
Основните типове гори в Малайзия са Giam Kanching или редки диптерокарпски гори, мангрови гори, торфена блатна гора и планинска ерикатна гора, според Световния фонд за дивата природа. Дървото диптерокарп, известно с плодовете си с двукрили семена, расте на суша, която е точно над морското равнище до надморска височина от около 900 метра. Ниските диптерокарпски гори, които се намират до 300 метра над морското равнище, са унищожени поради земеделие и други интензивни дейности. Докато джобът на двукрилите дървета е защитен в горския резерват Kanching, този вид се счита за критично застрашен - на ръба на изчезването - в Червения списък.
Това месоядно тропическо растение расте само в мъхести гори на височина от 2000 до 2600 метра на връх Трус Мади в Борнео. Макрофилата Nepenthes има листа с форма на стомна, които висят от десет метра дълги лозя. Насекомите се плъзгат от восъчния връх на цветето в локва с киселина, отделяна от жлезите в долната част на цветето, според прегледа на ASEAN за биологично разнообразие и опазване на околната среда. Червеният списък на IUCN категоризира Nepenthes macrophylla като критично застрашен.
Считан за критично застрашен в Червения списък, Taxitheliella richardsii е мъх от семейство Sematophyllaceae и е роден в Малайзия. Единствената известна област (по-малко от 10 км²), където е открит мъхът, е в Саравак, малайзийска държава в северозападната част на Борнео. Taxitheliella richardsii расте върху дървесни лози и изгнили трупи в субтропичните гори, местообитание, което изчезва поради добив и дърводобив на дървесина.