Екосистемата се състои от всички живи организми в определена зона и техните взаимодействия с околната среда около тях. Екосистемите са на суша или на вода. Пенсилвания, географски разнообразна държава, се намира в средноатлантическия регион на североизточната част на САЩ и съдържа четири общи екосистеми: гори, езера, реки и влажна зона.
Гори
Що се отнася до екосистемите на Пенсилвания, горите доминират. Според Penn State над 16 милиона акра гора покриват 58 процента от територията на щата. Горите са сложни екосистеми, които поддържат разнообразие от растителен и животински живот. Горите в Пенсилвания осигуряват местообитания за по-голямата част от дивата природа на щата. Различните дървета, като клен, череша и дъб, съставляват горските екосистеми на Пенсилвания. Горите предоставят икономически важни продукти, като дървен материал, женшен и кленов сироп. Те също така защитават водосборите на държавата, които съдържат по-голямата част от прясната вода на държавата. Penn State идентифицира различни заплахи за горските екосистеми, включително киселинни дъждове и разпространяваща се урбанизация. Усилията за опазване се въртят около обучение на гражданите на Пенсилвания за значението на управлението на ресурсите, като засаждането на дървета.
Влажни зони
Влажните зони, наситени с вода, приемат растения, подходящи за влажна среда. В Пенсилвания влажните зони се срещат на заливни равнини покрай реки и потоци, по краищата на езера и в горски блата или блата. Те са важни места за размножаване и размножаване на риби, земноводни и водни птици. Тези екосистеми също осигуряват местообитание за някои от застрашените или застрашени видове в Пенсилвания, като американската битер. Федерални правителствени агенции, включително Американската служба за риба и дива природа, и държавни агенции, като например Пенсилвания Департамент за опазване на околната среда, защита на влажните екосистеми на държавата чрез законодателство.
Езера
Пенсилвания съдържа приблизително 2500 водни обекта, класифицирани като езера, според Департамента за опазване и природни ресурси на Пенсилвания. Повечето езера всъщност са големи езера или изкуствени резервоари. Сладководните екосистеми съдържат разнообразие от живот, като риби, безгръбначни, земноводни и растения. Те също така осигуряват източници на питейна вода за дивата природа и хората. Департаментът за опазване и природни ресурси в Пенсилвания идентифицира подводните растителни инвазивни видове като заплахи за местните растения на езерата. Хората също са допринесли за намаляването на местните растителни популации чрез пръскане на хербициди във водата, за да убият инвазивните видове. Усилията за опазване се въртят около обучение на собствениците на жилища в Пенсилвания за вредата, която хербицидите причиняват на местните растения.
Реки
През Пенсилвания текат много реки, включително реките Охайо, Сускуанана и Алегени. Те образуват множество сладководни екосистеми в цялата държава. Според запазването на Западна Пенсилвания реките са най-застрашените екосистеми в Северна Америка. Човешките дейности са довели до загуба на биологично разнообразие в речните местообитания на Пенсилвания. Дамирането забави водния поток в много реки, което уврежда качеството на водата. Освен това добивът на въглища е замърсил много водни пътища. Басейнът на река Охайо в щата остава една от най-разнообразните сладководни екосистеми, населена с богатство от видове риби и мекотели, според запазването на Западна Пенсилвания. Усилията за опазване продължават да поддържат това богато разнообразие.