Въпреки че природните сили могат да унищожат или напрегнат популацията на животни, все по-често дейността на човека е довела до застрашаване на голям брой животни. Разбира се, някои животни и растения, особено опитомени като култури, добитък и домашни любимци, са се възползвали и дори процъфтяват от промените, които човек е направил в света. Въпреки това, някои популации от животни са подложени на огромен натиск в резултат на тези промени и в някои случаи популациите намаляват до значително по-ниски нива. Малки популации или организми с ограничено разпространение са изключително чувствителни към причиняващите фактори опасност, независимо дали се разчита на обикновения смисъл на думата или на определението за застрашен вид, въплътено в федерален закон.
Загуба на местообитание
Една от най-значимите причини за застрашените животни е загубата на местообитания. Докато местообитанието може да бъде загубено поради природни сили (климатични промени, геоложки промени), голяма част от местообитанията, загубени днес, се дължат на човешка дейност. Изграждането на язовири, магистрали, канали, урбанизация и земеделие засягат драстично жителите на местните екосистеми. Дори когато части от екосистемата остават непокътнати, създавайки „острови“, полученото местообитание може да е твърде малко или твърде широко разпръснато, за да поддържа вид.
Инвазивни видове
Инвазивните видове са една от основните биотични причини за застрашените животни. Много видове, пристигащи в нова екосистема, са зле адаптирани и бързо отмират. Някои видове обаче са в състояние да експлоатират екосистемата в ущърб на местните организми. Малките екосистеми като тези на островите са значително засегнати от въвеждането на инвазивни видове, но дори местните континентални и океански популации могат да бъдат унищожени чрез съревнование или хищничество от нашественик.
Прекомерна експлоатация на ресурси
Прекомерният улов на определен вид риба е очевидна и пряка причина животното да бъде застрашено. Но други организми в екосистемата също могат да бъдат увредени (или извлечени ползи) от прекомерната експлоатация на определен вид. Например опасението, че калифорнийската морска видра опустошава популацията на миди, доведе до това безразборно убиване на морските видри, променящо баланса на биотичната конкуренция между няколко организми. Намаляването на морските видри доведе до експлозия в популацията на морски таралежи, които се пасеха при задържане на водорасли. Тъй като водораслите се освобождават от дъното и се измиват на брега, организмите, които зависят от горите на водораслите, са подложени на повишен щам.
Патогени и болести
Разпространението на опитомените животни също е разпространило свързаните с тях болести в нови области на света. В някои случаи болестите инфектират местни популации, които имат малка устойчивост на нахлуващия патоген. Тези болести могат да достигнат епидемични нива в местното население, намалявайки техния брой.
Замърсяване на околната среда
Замърсяването в много форми е застрашило много животни. Пестицидите и други химикали, въведени в екосистемата, могат значително да навредят на нецелеви видове. Например, ДДТ, използван за борба с комарите, в крайна сметка е свързан със спада в репродуктивните темпове на птиците. Други форми на замърсяване, като термично, светлинно и шумово замърсяване, могат да намалят степента на оцеляване на местните животински популации.