Мабуть, найважливіший спосіб відмінності спор цвілі від бактеріальних ендоспор - це те, що цвіль класифікують як так звані вищі гриби. Як такі вони містять те, що біологи називають еукаріотичним типом клітин. Ендоспори бактерій, з іншого боку, утворюються з бактерій, які - як група - класифікуються як такі, що мають прокаріотичний тип клітин. Різниця між клітиною прокаріотів та клітиною еукаріотів є фундаментальною в біології. Найпростішим чином, бактеріальна клітина є набагато простішою.
Еукаріотична клітина - як і у спорах цвілі - рясніє комплексом клітинних структур, які називаються органелами. Органели виконують всілякі функції клітин, і однією з найбільш помітних органел є ядро. Ядро клітини еукаріотичних спор цвілі містить ДНК, яка дозволяє клітині функціонувати та розмножуватися. Це на відміну від бактеріальних ендоспор, у яких ДНК більш-менш вільна в цитоплазмі клітини.
Окрім ядра, спорова клітина еукаріотичної цвілі містить такі органели, як ендоплазматичний ретикулум або ER. ER по суті нагадує лабіринт складених мембран, в якому здійснюється багато біохімічних процесів, життєво важливих для клітини. У спорах плісняви ER пов'язаний з ядерною оболонкою, мембраною, яка оточує ядро клітини. У бактеріальних ендоспорах такий порядок відсутній.
Ендоспори бактерій практично не характеризуються рівнем клітинної витонченості, який присутній у спорах еукаріотичних цвілі. Ще одна відмінність між бактеріальними ендоспорами та спорами цвілі - крім їх основної різниці у типах клітин - це роль, яку вони відіграють в історії життя їх відповідних організмів. Бактеріальна ендоспора - це стійка структура, яка утворюється всередині клітини бактерії. На відміну від спор цвілі, бактеріальна ендоспора спеціально пристосована для протистояння несприятливим умовам навколишнього середовища. Ключовою особливістю бактеріальних ендоспор є сполука, яка називається дипіколінова кислота. Ця сполука, хоч і не поширена в спорах цвілі, є інструментом опосередкування стійкості бактеріальних ендоспор до несприятливих умов навколишнього середовища.
Існують численні інші відмінності між бактеріальними ендоспорами та спорами цвілі. Більшість з них, знову ж таки, пов’язані з принциповим розрізненням еукаріотичної та прокаріотичної клітин. Багато інших органел, крім вже описаних, присутні в спорі цвілі, але відсутні в бактеріальній ендоспорі. Сюди входить структура, що називається апаратом Гольджі, та інші, як так зване ядерце. Ядерце є структурою в ядрі еукаріотичних клітин і бере активну участь у синтезі білка, що має вирішальне значення для функціонування клітин. Бактеріальні ендоспори виконують багато тих самих основних життєвих функцій, що і спори цвілі, але вони роблять це без переваг складних органел, що містяться в спорі цвілі.