Відома своїм біорізноманіттям, в Малайзії мешкає 15 000 квітучих рослин. Однак флора та фауна країни знаходяться під серйозною загрозою і зазнали 70-відсоткового виснаження початкового приросту. За даними Червоного списку Міжнародного союзу охорони природи (МСОП), станом на 2007 рік Малайзія нараховує 686 видів рослин, що перебувають під загрозою зникнення. Закони Малайзії захищають птахів, ссавців та комах. Флора і фауна захищаються лише в тому випадку, якщо вони ростуть у межах національного парку або заповідника.
Основними типами лісів в Малайзії є Гіам Канчінг або рідкісний диптерокарповий ліс, мангровий ліс, торф'яно-болотний ліс та гірський гірський ліс, за даними Всесвітнього фонду дикої природи. Дерево диптерокарп, відоме своїми плодами з двокрилими насінням, росте на суші, яка знаходиться трохи вище рівня моря до висоти приблизно 900 метрів. Низинні двокрилі ліси, які знаходяться на висоті до 300 метрів над рівнем моря, були знищені завдяки сільському господарству та іншим землемістким заходам. Хоча кишенькові дерева диптерокарпів охороняються в лісовому заповіднику Канчінг, цей вид вважається критично зникаючим - на межі зникнення - у Червоному списку.
Ця хижа тропічна рослина росте лише в мохових лісах на висоті 2000-2600 метрів на горі Трус Маді на Борнео. У Nepenthes macrophylla є глечикоподібні листя, що звисають із десятиметрових лоз. Згідно з оглядом біологічного різноманіття та охорони навколишнього середовища АСЕАН, комахи ковзають з воскової верхівки квітки у басейн кислоти, що виділяється залозами в нижній частині квітки. Червоний список МСОП класифікував Nepenthes macrophylla як критично зникаючу.
Считається, що в Червоному списку знаходиться під загрозою зникнення, Taxitheliella richardsii - це мох з родини Sematophyllaceae, корінний у Малайзії. Єдина відома область (менше 10 км²), де був знайдений мох, знаходиться в Сараваку, штаті Малайзія на північному заході Борнео. Taxitheliella richardsii росте на деревних лозах і гнилих колодах в субтропічних лісах - середовище існування, яке зникає внаслідок заготівлі деревини та вирубки.