Камбоджа має третій за рівнем вирубки лісів у світі, що мотивується заготівлею деревини та чіткими рубками для сільського господарства. Знищення лісів руйнує місця проживання і порушує баланс ніжних тропічних грунтів. Без дерев, які утримують ґрунт на місці і не поповнюють органічні речовини підстилкою з листя, ґрунт швидко розмивається і втрачає значну частину своєї родючості в перші кілька років вирощування.
Прибережним екосистемам Камбоджі, багато з яких є мангрові ліси, які забезпечують важливе нерестовище для риб та захист від повеней, загрожує кілька факторів. Прибережні екосистеми задихаються опадами, що вимиваються з нещодавно знелісених районів углиб країни. Ці води також містять небезпечні пестициди та добрива. Погано регульовані ферми креветок призводять до очищення мангрових заростей та викиду надлишку поживних речовин у воду, що призводить до заростання водоростей та порушення екосистеми.
У міру індустріального розвитку Камбоджі люди стікаються в міські райони, які ростуть занадто швидко, щоб санітарна інфраструктура не відставала. У багатьох районах відсутні каналізаційні системи, або вони в кращому випадку не працюють. Стічні води та промислові стоки забруднюють підземні та поверхневі води у багатьох міських районах. Небезпечні тверді відходи часто знаходять шлях до відкритих звалищ, де можуть вимиватися в підземні води або бути продутими вітром.