1800'lerde Gregor Mendel, genlerin fiziksel özellikleri yavrulara aktarmak için nasıl çalıştığını tahmin etti ve belirli özelliklerin kalıtsal olma olasılıklarını hesapladı. Bilim adamları daha sonraya kadar genlerin varlığını keşfetmemiş olsalar da, Mendel'in temel ilkeleri doğru çıktı. Reginald Punnett, Mendel ilkelerine dayalı olarak kalıtım olasılığını hesaplamak için Punnett karesini grafiksel bir yöntem olarak geliştirdi. Bir Punnett karesi ile hesaplamak için istatistikleri ve olasılığı anlamanız gerekmez; sadece kareyi oluşturun ve bir yavrunun belirli bir özelliği miras alma olasılığını belirlemek için sonuçları gözlemleyin.
Baskın alel için büyük harf ve çekinik alel için küçük harf kullanarak bir ebeveynin genotipini karenin üzerine yazın. Bir alel sol kutunun üzerine ve diğer alel sağ kutunun üzerine yazın. Kahverengi gözlerin baskın ve mavi gözlerin çekinik olduğu göz rengi için bir Punnett karesi örneğini düşünün. Ebeveynin bir baskın ve bir çekinik aleli olan bir genotipi varsa, baskın alel için bir kutunun üstüne "B" ve çekinik alel için diğer kutunun üstüne "b" yazın.
Diğer ebeveynin genotipini karenin soluna yazın. Bir alel üst kutunun soluna ve diğer alel alt kutunun soluna koyun. Örneğin genotipin iki çekinik alel varsa, her kutunun yanına "b" yazın.
Her kutuyu yukarıda ve solunda yazılı alellerle doldurun. Örneğin, sol üst kutunun üstünde "B" ve solda "b" varsa, kutuya "Bb" yazın. Sağ üstteki kutunun üstünde "b" ve solunda "b" varsa, kutuya "bb" yazın. İki alt kutu için de aynısını yapın.
En az bir baskın alel içeren kutuları sayın. Bb genotipine sahip bir ebeveyn ve bb genotipine sahip bir ebeveyn olması durumunda, kutular Bb, bb, Bb ve bb'yi içerir. Bu durumda kutulardan ikisi baskın bir alele sahiptir.
Baskın bir alel içeren kutuların sayısını dörde bölün ve bir yavrunun baskın özelliğe sahip olma şansını elde etmek için sonucu 100 ile çarpın. Örneğin (2/4)*100 = 50, yani bir yavrunun kahverengi gözlü olma olasılığı yüzde 50'dir.
Bir yavrunun çekinik özelliği sergileme olasılığını elde etmek için baskın özelliğin yüzde şansını 100'den çıkarın. Örneğin, 100 - 50 = 50, yani bir yavrunun mavi gözlü olma şansı yüzde 50'dir.