Bir santrifüj, merkezi bir eksen üzerinde dönen bir bölmeden oluşan bir cihazdır. Dönme hareketi, malzemelerin farklı ağırlıklarına göre ayrılmasına neden olur. Bir santrifüj rotoru, bir açıyla delinmiş sabit deliklere sahip olan santrifüjün dönen birimidir. Test tüpleri bu deliklerin içine yerleştirilir ve rotor, malzemelerin ayrılmasına yardımcı olmak için döner. Üç tip santrifüj rotoru vardır: döner kova, sabit açılı ve dikey rotorlar.
Döner kepçeli bir rotor, genellikle 36 mL ile 2,2 mL arasında değişen hacimdeki numuneleri destekler. Salıncak kovaları iki tür ayırmayı destekleyebilir: oran-bölgeli ve izopiknik. Hız-bölgesel ayrımlar için döner kovalar tercih edilir, çünkü menisküsün dışı ile tüpün tabanının dışı arasındaki mesafe, ayrılmanın gerçekleşmesi için yeterince uzundur.
Sabit açılı rotorlar genellikle ya bir süspansiyondan pelet parçacıklarına peletleme uygulamaları için kullanılır ve fazla döküntüleri giderir veya peleti toplamak için kullanılır. Rotor boşlukları 0,2 mL ila 1 mL arasında değişir. Sabit açılı rotor kullanmaya karar vermede en önemli husus K faktörüdür. K faktörü, rotorun maksimum hızda ne kadar verimli topaklanabileceğini gösterir. K faktörü ne kadar düşükse, peletleme verimliliği o kadar yüksek olur.
Dikey rotorlar son derece uzmanlaşmıştır. Tipik olarak sezyum klorürde DNA'yı bantlamak için kullanılırlar. Dikey rotorlar çok düşük K faktörlerine sahiptir; bu, partikülün topaklaşana kadar yalnızca kısa bir mesafe hareket etmesi gerekiyorsa faydalıdır. Dikey rotorlarda çalışma süresi kısadır.