ตำแหน่งในการสร้างสถานีไฟฟ้าพลังน้ำมีความสำคัญมาก นอกจากการสร้างเขื่อนแล้ว ยังมีปัจจัยอื่นๆ และความล้มเหลวในการแก้ไขปัญหาอาจนำไปสู่ปัญหาหลายประการ รวมถึงน้ำท่วมบริเวณข้างสถานี
วัตถุดิบ
วัสดุที่ใช้ในการก่อสร้างเขื่อนจะเป็นตัวกำหนดว่าจะใช้งานได้นานหรือเป็นไปตามวัตถุประสงค์อย่างมีประสิทธิภาพ วัสดุที่ใช้ทำผนังเขื่อนต้องสามารถยึดแรงน้ำได้ ซึ่งหมายความว่าที่ตั้งของเขื่อนควรอยู่ในที่ที่สามารถหาวัสดุเหล่านี้ได้ เช่น ซีเมนต์และบัลลาสต์ สิ่งสำคัญคือต้องใช้วัสดุคุณภาพสูงเพื่อป้องกันภัยพิบัติ เช่น น้ำท่วมในพื้นที่ใกล้เขื่อน
ทางแม่น้ำ
ตำแหน่งที่ดีที่สุดสำหรับสถานีไฟฟ้าพลังน้ำควรอยู่ริมเส้นทางแม่น้ำ อย่างน้อยควรอยู่ที่หุบเขาแม่น้ำหรือบริเวณที่แม่น้ำแคบ ทำให้สามารถเก็บกักน้ำหรือผันน้ำได้ หากสถานีไฟฟ้าพลังน้ำตั้งเป้าที่จะกักเก็บน้ำสูงสุดในเขื่อน ให้คำนวณปริมาตรของแอ่งที่อยู่เหนือเขื่อน เพื่อให้แน่ใจว่าเขื่อนจะไม่ประสบปัญหาน้ำประปาไม่เพียงพอซึ่งจะส่งผลต่อการทำงานของเขื่อน กังหัน
โครงสร้างทางธรณีวิทยา
สถานีควรตั้งอยู่ในสถานที่ที่พื้นดินหรือโครงสร้างหินที่จะสร้างเขื่อนมีความแข็งแรงเพียงพอที่จะรับน้ำหนักและแรงของน้ำในเขื่อน ผนังควรมีความสามารถในการยึดและรักษาแรงทั้งที่มองเห็นและมองไม่เห็น ไม่ว่าจะสร้างขึ้นโดยฝีมือมนุษย์หรือโดยธรรมชาติ โครงสร้างหินควรมีความสามารถในการต้านทานแผ่นดินไหวและไม่ควรให้น้ำซึม เนื่องจากจะทำให้เขื่อนอ่อนแรง ผนังควรกันน้ำเพื่อไม่ให้น้ำอ่อนตัวลง
น้ำเพียงพอ
การไหลของน้ำไปยังตำแหน่งที่เขื่อนตั้งอยู่ควรจะเพียงพอต่อการเติมเขื่อน เขื่อนไฟฟ้าพลังน้ำมักจะมีขนาดใหญ่ และทำให้สูญเสียน้ำมากจากการระเหย การไหลของน้ำจากแม่น้ำควรสูงพอที่จะรองรับการสูญเสียน้ำได้โดยไม่กระทบต่อปริมาณไฟฟ้าที่ผลิตได้