ฝนกรดไม่ได้กลายเป็นปัญหาสิ่งแวดล้อมจนกระทั่งมีการเผาไหม้เชื้อเพลิงฟอสซิลจำนวนมากในยุคอุตสาหกรรม ฝนกรดบางชนิดเกิดขึ้นตามธรรมชาติ แต่การปล่อยซัลเฟอร์ไดออกไซด์และไนโตรเจนออกไซด์จากปล่องควันรวมกับฝนทำให้เกิดกรดซัลฟิวริกและไนตริกในปริมาณที่เป็นอันตรายต่อสิ่งแวดล้อม ภูมิภาคของสหรัฐอเมริกาที่ได้รับผลกระทบจากฝนกรดมากที่สุดคือชายฝั่งตะวันออก รวมถึงเทือกเขาแอปปาเลเชียนและภาคตะวันออกเฉียงเหนือ
ในการศึกษาทะเลสาบและลำธารของประเทศที่มีสภาพเป็นกรด น้ำผิวดินแห่งชาติ จากการสำรวจพบว่าฝนกรดทำให้เกิดความเป็นกรดในทะเลสาบร้อยละ 75 และประมาณร้อยละ 50 ลำธาร ความเป็นกรดสูงสุดเกิดขึ้นตามแนวชายฝั่งมหาสมุทรแอตแลนติก ซึ่งน้ำมีความเป็นกรดสูงกว่าตามธรรมชาติ อัตราความเป็นกรดของกระแสน้ำสูงสุดมากกว่าร้อยละ 90 เกิดขึ้นในภูมิภาคไพน์บาร์เรนแห่งรัฐนิวเจอร์ซีย์ Little Echo Pond ในเมืองแฟรงคลิน รัฐนิวยอร์ก มีสภาพที่เป็นกรดมากที่สุด โดยมีค่า pH 4.2
ฝนกรดทำให้ดินเสื่อมโทรมด้วยการชะล้างสารเคมี เช่น แคลเซียมและแมกนีเซียม ซึ่งบัฟเฟอร์ความเป็นกรดและให้สารอาหารที่จำเป็นแก่พืช ความเป็นกรดยังปล่อยอะลูมิเนียมที่ละลายในน้ำที่อาจเป็นพิษออกสู่น้ำ ป่าแอปพาเลเชียนจากเมนถึงจอร์เจียได้รับผลกระทบเป็นพิเศษ ต้นไม้มักจะไม่ตายทันทีแต่จะอ่อนแอและอ่อนแอต่อเชื้อโรค แมลง ภัยแล้งหรืออากาศหนาวจัด นักวิทยาศาสตร์คาดว่าโครงการฝนกรดของหน่วยงานคุ้มครองสิ่งแวดล้อมแห่งสหรัฐอเมริกา ซึ่งช่วยลดการปล่อยซัลเฟอร์ไดออกไซด์ จะช่วยลดความเป็นกรดตามแนวชายฝั่งตะวันออกได้อย่างมาก