มีความแตกต่างมากมายระหว่างเซลล์โปรคาริโอตและยูคาริโอต ความแตกต่างเหล่านี้บางส่วนมีโครงสร้างในขณะที่บางส่วนเป็นขั้นตอน กระบวนการสองอย่างที่แตกต่างกันอย่างมากระหว่างโปรคาริโอตและยูคาริโอตคือการแสดงออกของยีนและการควบคุมของมัน เซลล์ทั้งสองประเภทคัดลอก DNA เป็น mRNA ซึ่งจากนั้นแปลเป็นโพลีเปปไทด์ แต่ลักษณะเฉพาะของกระบวนการเหล่านี้ต่างกัน
ที่ตั้ง
โปรคาริโอตขาดนิวเคลียสและออร์แกเนลล์อื่น ๆ ซึ่งเป็นช่องพิเศษที่มีเยื่อหุ้มในขณะที่ยูคาริโอตมีพวกมัน อันที่จริง คำว่า "ยูคาริโอต" หมายถึง "นิวเคลียสที่แท้จริง" ในยูคาริโอต จีโนมของเซลล์จะอยู่ในนิวเคลียส การถอดความจึงเกิดขึ้นในนิวเคลียส และต่อมาการถอดเสียง mRNA จะถูกส่งผ่านรูพรุนของนิวเคลียร์ (รูพรุนในซองจดหมายนิวเคลียร์) ไปยังไซโตพลาสซึมเพื่อทำการแปล ในทางตรงกันข้าม การถอดความและการแปลแบบโปรคาริโอตจะไม่ถูกแบ่งแยกตามพื้นที่หรือชั่วคราว
การเริ่มต้นของการถอดความ
องค์ประกอบโปรโมเตอร์เป็นลำดับสั้น ๆ ของ DNA ที่จับกับปัจจัยการเริ่มต้นการถอดรหัสของเซลล์ โปรคาริโอตมีองค์ประกอบโปรโมเตอร์สามองค์ประกอบ: อันหนึ่งที่อยู่ต้นน้ำของยีนที่ถูกคัดลอก อันหนึ่งคือนิวคลีโอไทด์ 10 อันที่ปลายน้ำของมัน และอีกอันหนึ่งคือ 35 นิวคลีโอไทด์ที่ปลายน้ำ ยูคาริโอตมีองค์ประกอบโปรโมเตอร์ที่ใหญ่กว่ามาก ส่วนประกอบหลักคือกล่องทาทา ปัจจัยการเริ่มต้นการถอดรหัสยูคาริโอตประกอบกับความซับซ้อนของการเริ่มต้น ซึ่งจะแยกตัวออกเมื่อสิ้นสุดการเริ่มต้น ปัจจัยการเริ่มต้นการถอดรหัส Prokaryotic ไม่ได้ประกอบกับความซับซ้อนของการเริ่มต้น
ไรโบโซม
ไรโบโซมเป็นไซต์การแปลที่ประกอบด้วย RNA และโปรตีนที่จับกับ mRNA และ tRNA ของเซลล์ โปรคาริโอตมีไรโบโซม 70S ในขณะที่ยูคาริโอตมีไรโบโซม 80S "S" หมายถึงค่าสัมประสิทธิ์การตกตะกอน ซึ่งเป็นหน่วยวัดขนาด มวล และรูปร่างของอนุภาค ไรโบโซม 80S ประกอบด้วยยูนิตย่อย 40S และยูนิตย่อย 60S ในขณะที่ไรโบโซม 70S ประกอบด้วยยูนิตย่อย 30S และยูนิตย่อย 50S
Polycistronic mRNA
นอกเหนือจากการมีกลไกการถอดความและการแปลที่แตกต่างกันแล้ว โปรคาริโอตและยูคาริโอตยังแตกต่างกันในการควบคุมยีนของพวกมัน การควบคุมยูคาริโอตนั้นซับซ้อนกว่ามาก และมักจะอาศัยกลไกการป้อนกลับ กระบวนการพัฒนา และปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อมต่างๆ ในทางตรงกันข้าม โปรคาริโอตจะควบคุมวิถีการเผาผลาญทั้งหมด แทนที่จะควบคุมแต่ละเอ็นไซม์แยกจากกัน เอนไซม์จากแบคทีเรียสำหรับวิถีทางที่กำหนดนั้นอยู่ติดกันบน DNA ของเซลล์และถูกถ่ายทอดเป็นหนึ่ง mRNA mRNA นี้เรียกว่า polycistronic mRNA เมื่อเซลล์ต้องการเอ็นไซม์ของวิถีทางมากหรือน้อย เซลล์ก็จะถ่ายทอด mRNA ของวิถีทางนั้นมากหรือน้อย