แบคทีเรียเป็นจุลินทรีย์ที่เก่าแก่ที่สุดในโลก มีแบคทีเรียหลายชนิด เช่น แบคทีเรียที่กินสัตว์อื่น แบคทีเรียก่อโรค และแบคทีเรียชนิดดี ร่างกายของเราต้องการแบคทีเรียบางชนิดเพื่อรักษาการทำงานที่เหมาะสม อย่างไรก็ตาม แบคทีเรียหลายชนิดทำให้เกิดโรค และหากเข้าไปในร่างกายของเรา จะส่งผลให้เกิดความเจ็บป่วยเฉียบพลัน เรื้อรัง และเสียชีวิตได้ ร่างกายมนุษย์ได้พัฒนาอุปสรรคต่าง ๆ ตลอดวิวัฒนาการเพื่อป้องกันไม่ให้แบคทีเรียเข้ามาและก่อให้เกิดความเจ็บป่วย
สกิน แบริเออร์
ผิวหนัง ซึ่งเป็นอวัยวะที่ใหญ่ที่สุดของร่างกาย เป็นด่านแรกในการป้องกันแบคทีเรียและเชื้อโรคอื่นๆ ผิวหนังทำหน้าที่เป็นเกราะป้องกันอวัยวะและระบบต่างๆ ของร่างกาย และปกป้องพวกเขาจากโลกภายนอก ชั้นนอกสุดของผิวหนังมีสภาพเป็นกรด ซึ่งจะช่วยป้องกันการพัฒนาและการเจริญเติบโตของแบคทีเรียที่ไม่ใช่ถิ่นที่อยู่ เพื่อให้แบคทีเรียเข้าสู่ร่างกายทางผิวหนัง จะต้องมีขนาดเล็กพอที่จะแพร่กระจายผ่านเซลล์เยื่อบุผิวของผิวหนังรวมทั้งทำให้ผ่านชั้นเซลล์ต่างๆ
อุปสรรคในช่องปากและช่องปาก
แบคทีเรียที่ผ่านทางปากและจมูกจะพบกับกลไกการป้องกันที่แตกต่างกันซึ่งทำงานร่วมกันเพื่อทำหน้าที่เป็นเกราะป้องกันไม่ให้แบคทีเรียเข้าสู่ร่างกาย เยื่อบุช่องปากประกอบด้วยเยื่อเมือกที่แข็งและเหนียวซึ่งปกคลุมไปด้วยน้ำลาย น้ำลายจะจุ่มแบคทีเรียเพื่อกลืนลงไป และทำให้กลืนได้ง่ายขึ้น จึงป้องกันแบคทีเรียไม่ให้โจมตีต่อมน้ำลาย ไลโซไซม์เป็นเอนไซม์ภายในน้ำลายที่ต่อสู้และทำลายแบคทีเรียในซัลเวีย
อุปสรรคทางเดินอาหาร
กระเพาะอาหารผลิตน้ำย่อยเพื่อช่วยในการย่อยอาหาร แต่ยังช่วยฆ่าเชื้อแบคทีเรียและเชื้อโรคในอาหารอีกด้วย แบคทีเรียสามารถอยู่รอดได้ในช่วง pH ที่แคบมากเท่านั้น ค่า pH ต่ำและความเป็นกรดสูงของกระเพาะอาหารช่วยป้องกันแบคทีเรียจากการตั้งรกรากและการเจริญเติบโตอย่างยั่งยืนภายในระบบย่อยอาหาร เนื้อเยื่อน้ำเหลืองภายในลำไส้เล็กและลำไส้ใหญ่กรองสารพิษและแบคทีเรียที่ยังคงอยู่ในอาหารที่ย่อย เพื่อป้องกันไม่ให้แบคทีเรียเข้าสู่ระบบอวัยวะและทางเดินอาหารของร่างกาย การอาเจียนและท้องร่วงเป็นกลไกป้องกันขั้นสุดท้ายที่ทางเดินอาหารใช้เพื่อกำจัดแบคทีเรียในร่างกายและป้องกันไม่ให้เติบโตภายในร่างกาย
สิ่งกีดขวางทางเดินหายใจ
อุปสรรคชุดแรกที่แบคทีเรียในอากาศมักจะพบในทางเดินหายใจคือ vibrissae หรือรูขุมขนเล็กๆ ที่พบในผนังจมูก จมูกยังมีเมือกจมูกที่ดักจับแบคทีเรีย ป้องกันไม่ให้พวกมันตั้งรกราก เช่นเดียวกับน้ำลายในทางเดินหายใจ น้ำมูกในจมูกมีไลโซไซม์และสารฆ่าเชื้อแบคทีเรียอื่นๆ ฆ่าเชื้อแบคทีเรียก่อนจะเข้าสู่ทางเดินหายใจ เยื่อเมือกนี้ขยายจากจมูกไปยังหลอดลม และจากนั้นไปยังหลอดลม และดักจับอนุภาคแบคทีเรียที่ผ่านจมูกและเยื่อเมือกในจมูก เนื้อเยื่อน้ำเหลืองที่อยู่ในปอดจะกำจัดแบคทีเรียที่เหลืออยู่และป้องกันไม่ให้เข้าสู่ร่างกาย