กล้องจุลทรรศน์เป็นอุปกรณ์ที่ขยายวัตถุหรือสิ่งมีชีวิตที่มีขนาดเล็กเกินไปที่จะมองเห็นด้วยตาเปล่า ก้าวสำคัญในโลกวิทยาศาสตร์ กล้องจุลทรรศน์มีอิทธิพลอย่างมากต่อการพัฒนาการแพทย์สมัยใหม่ นิติเวช และวิทยาศาสตร์สิ่งแวดล้อม การประดิษฐ์กล้องจุลทรรศน์ได้ปฏิวัติอุตสาหกรรมวิทยาศาสตร์ไปพร้อมกับการพัฒนาด้านอื่นๆ
กล้องจุลทรรศน์มีผลกระทบอย่างมากในด้านการแพทย์ แพทย์ใช้กล้องจุลทรรศน์เพื่อระบุเซลล์ที่ผิดปกติและเพื่อระบุเซลล์ประเภทต่างๆ ซึ่งช่วยในการระบุและรักษาโรคต่างๆ เช่น เซลล์เคียวที่เกิดจากเซลล์ผิดปกติที่มีรูปร่างคล้ายเคียว
กล้องจุลทรรศน์ใช้เพื่อศึกษาสุขภาพของระบบนิเวศ นักชีววิทยาภาคสนามใช้กล้องจุลทรรศน์เพื่อสังเกตสภาพแวดล้อมเฉพาะ เช่น ทางทะเล โดยการระบุประเภทและจำนวนสิ่งมีชีวิตที่ดำรงอยู่ในตัวอย่างจากระบบนิเวศ สิ่งนี้ช่วยนักวิทยาศาสตร์ในการกำหนดระบบนิเวศ ตรวจจับภัยคุกคามต่อระบบนิเวศ และกำหนดความสัมพันธ์ของสิ่งมีชีวิตกับสภาพแวดล้อมของพวกมัน
กล้องจุลทรรศน์ได้รับผลกระทบอย่างมากในด้านนิติวิทยาศาสตร์ นิติวิทยาศาสตร์เป็นสาขาวิทยาศาสตร์ที่ใช้ในการรวบรวมและวิเคราะห์หลักฐานเพื่อสร้างข้อเท็จจริงที่ใช้ในสถานการณ์ทางกฎหมาย กล้องจุลทรรศน์ใช้เพื่อตรวจสอบหลักฐานที่รวบรวมในที่เกิดเหตุซึ่งอาจมีข้อมูลที่มองไม่เห็นด้วยตาเปล่า
นักจุลกายวิภาคใช้กล้องจุลทรรศน์เพื่อวิเคราะห์เนื้อเยื่อและเซลล์ กล้องจุลทรรศน์พร้อมเครื่องมืออื่นๆ ใช้ในการตรวจหาเนื้อเยื่อที่ผิดปกติในร่างกาย การศึกษาได้ช่วยในการระบุเนื้อเยื่อมะเร็งในผู้ป่วย
การประดิษฐ์กล้องจุลทรรศน์กำลังอะตอมอันทรงพลังทำให้นักวิทยาศาสตร์สามารถศึกษาเซลล์ในระดับอะตอมได้ ซึ่งช่วยให้นักวิทยาศาสตร์สามารถกลั่นกรองไวรัสในระดับอะตอมและมีอิทธิพลต่อการส่งมอบการรักษาที่เป็นนวัตกรรมใหม่ กล้องจุลทรรศน์แรงปรมาณูยังช่วยให้นักวิทยาศาสตร์สามารถศึกษาและทำความเข้าใจชนิดของไวรัสและทำความเข้าใจว่าไวรัสแพร่เข้าสู่ร่างกายอย่างไร ผ่านกล้องจุลทรรศน์นี้ นักวิทยาศาสตร์ตรวจสอบกระบวนการที่ไวรัสที่ไม่ใช่ซองจดหมายใช้โปรตีนเพื่อหลอมรวมกับเซลล์เจ้าบ้าน
กล้องจุลทรรศน์ส่งผลกระทบอย่างมากต่อการศึกษาพันธุศาสตร์ นักวิทยาศาสตร์ใช้กล้องจุลทรรศน์เพื่อสังเกตองค์ประกอบทางพันธุกรรมที่เฉพาะเจาะจง นอกจากนี้ยังช่วยให้นักวิทยาศาสตร์สามารถระบุความผิดปกติทางพันธุกรรม การสร้างใหม่ และการตายของเนื้อเยื่อ การศึกษาพันธุศาสตร์ใช้เพื่อสังเกตเนื้อเยื่อที่ติดเชื้อ จากการศึกษานี้ นักจุลกายวิภาคศาสตร์สามารถทำการวิจัยเกี่ยวกับการรักษาในอนาคตและยาป้องกันได้