การโคลนนิ่งเป็นปัญหาทางจริยธรรมที่ร้อนแรงในชุมชนวิทยาศาสตร์ แต่แบคทีเรียโคลนตัวเองตลอดเวลา ในกระบวนการที่เรียกว่าไบนารีฟิชชัน แบคทีเรียหนึ่งตัวเพิ่มขนาดและสารพันธุกรรมเป็นสองเท่า จากนั้นแยกออกเพื่อผลิตเซลล์ที่เหมือนกันสองเซลล์
เมื่อเทียบกับการแบ่งเซลล์ยูคาริโอตหรือไมโทซิส การแยกตัวแบบไบนารีเป็นกระบวนการที่ค่อนข้างง่าย อย่างแรก แบคทีเรียคัดลอก DNA ซึ่งเป็นสารพันธุกรรม ซึ่งในแบคทีเรียมีลักษณะเป็นวงกลม DNA ให้ข้อมูลทั้งหมดที่จำเป็นในการสร้างเซลล์ที่เหมือนกัน จากนั้น DNA จะถูกแยกออกจากกันที่ปลายอีกด้านของเซลล์และโปรตีนที่จำเป็นสำหรับการแบ่งตัวของเซลล์จะรวมตัวกันที่ศูนย์กลางของเซลล์ แบคทีเรียมักจะเพิ่มของเหลวภายในเซลล์ที่เรียกว่าไซโตพลาสซึมด้วย โปรตีนแบ่งเซลล์ออกเป็นสองส่วน และในแบคทีเรียส่วนใหญ่ ผนังเซลล์ใหม่ถูกสร้างขึ้นเพื่อทำให้การแบ่งตัวสมบูรณ์
ข้อดีของไบนารีฟิชชันจากมุมมองของแบคทีเรียคือความรวดเร็วและเรียบง่าย จากมุมมองของการควบคุมและป้องกันโรค การแยกตัวแบบไบนารีนั้นมีประโยชน์เพราะทำให้การผลิตยาง่ายขึ้น โดยทั่วไปจำเป็นต้องใช้ยาเพียงตัวเดียวในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียเนื่องจากแบคทีเรียทั้งหมดเหมือนกันและจะตอบสนองในลักษณะเดียวกัน อย่างไรก็ตาม น่าเสียดายที่แบคทีเรียบางชนิดกำลังพัฒนาความต้านทานต่อยาผ่านการกลายพันธุ์ ซึ่งทำให้การติดเชื้อยากขึ้นมาก
