บางทีวิธีที่สำคัญที่สุดที่สปอร์ของเชื้อราแตกต่างจากเอนโดสปอร์ของแบคทีเรียก็คือ ราจัดอยู่ในประเภทที่เรียกว่าราชั้นสูง ด้วยเหตุนี้พวกเขาจึงมีลักษณะที่นักชีววิทยาเรียกว่าเซลล์ยูคาริโอต ในทางกลับกัน เอนโดสปอร์ของแบคทีเรียก่อรูปจากแบคทีเรีย ซึ่งจัดเป็นกลุ่มๆ ได้ว่ามีชนิดเซลล์โปรคาริโอต ความแตกต่างระหว่างเซลล์โปรคาริโอตกับเซลล์ยูคาริโอตเป็นปัจจัยพื้นฐานทางชีววิทยา ในแง่ที่ธรรมดาที่สุด เซลล์แบคทีเรียมีโครงสร้างที่ง่ายกว่ามาก
เซลล์ยูคาริโอต—เช่นเดียวกับเซลล์ในสปอร์รา—ประกอบด้วยโครงสร้างเซลล์ที่ซับซ้อนที่เรียกว่าออร์แกเนลล์ ออร์แกเนลล์ทำหน้าที่ต่าง ๆ ของเซลล์ และออร์แกเนลล์ที่เห็นได้ชัดเจนที่สุดตัวหนึ่งคือนิวเคลียส นิวเคลียสของเซลล์ยูคาริโอตของสปอร์ราประกอบด้วย DNA ที่ช่วยให้เซลล์ทำงานและสืบพันธุ์ได้ สิ่งนี้ตรงกันข้ามกับเอนโดสปอร์ของแบคทีเรียซึ่ง DNA มีอิสระในไซโตพลาสซึมของเซลล์ไม่มากก็น้อย
นอกจากนิวเคลียสแล้ว เซลล์สปอร์ของรายูคาริโอตยังมีออร์แกเนลล์เช่นเอนโดพลาสมิกเรติคูลัมหรือ ER โดยพื้นฐานแล้ว ER นั้นเหมือนกับเขาวงกตของเยื่อแผ่นพับซึ่งมีกระบวนการทางชีวเคมีหลายอย่างที่สำคัญต่อเซลล์ ในสปอร์ของเชื้อรา ER เชื่อมต่อกับเปลือกหุ้มนิวเคลียส ซึ่งเป็นเมมเบรนที่ล้อมรอบนิวเคลียสของเซลล์ ในเอนโดสปอร์ของแบคทีเรียการจัดเรียงนี้ขาดหายไป
เอนโดสปอร์ของแบคทีเรียแทบไม่มีระดับความซับซ้อนของเซลล์ในสปอร์ของรายูคาริโอตเลย ความแตกต่างอีกประการหนึ่งระหว่างเอนโดสปอร์ของแบคทีเรียและสปอร์ของเชื้อรา—นอกเหนือจากความแตกต่างพื้นฐานของเซลล์—คือบทบาทที่พวกมันเล่นในประวัติศาสตร์ชีวิตของสิ่งมีชีวิตที่เกี่ยวข้อง เอนโดสปอร์ของแบคทีเรียเป็นโครงสร้างที่ต้านทานซึ่งก่อตัวขึ้นภายในเซลล์ของแบคทีเรีย เอนโดสปอร์ของแบคทีเรียต่างจากสปอร์ของเชื้อราที่ดัดแปลงมาเป็นพิเศษเพื่อต้านทานสภาวะแวดล้อมที่ไม่เอื้ออำนวย ลักษณะสำคัญของเอนโดสปอร์ของแบคทีเรียคือสารประกอบที่เรียกว่ากรดไดปิโคลินิก สารประกอบนี้แม้ว่าจะไม่แพร่หลายในสปอร์ของเชื้อรา แต่ก็เป็นเครื่องมือในการไกล่เกลี่ยความต้านทานของเอนโดสปอร์ของแบคทีเรียต่อสภาวะแวดล้อมที่ไม่เอื้ออำนวย
มีความแตกต่างอื่นๆ มากมายระหว่างเอนโดสปอร์ของแบคทีเรียและสปอร์ของเชื้อรา ส่วนใหญ่มีความเกี่ยวข้องกับความแตกต่างพื้นฐานระหว่างเซลล์ยูคาริโอตและโปรคาริโอตอีกครั้ง ออร์แกเนลล์อื่นๆ อีกมากนอกเหนือจากที่อธิบายไว้แล้วมีอยู่ในสปอร์ของเชื้อรา แต่ไม่มีในเอนโดสปอร์ของแบคทีเรีย ซึ่งรวมถึงโครงสร้างที่เรียกว่าเครื่องมือกอลจิ และอื่นๆ เช่น นิวเคลียสที่เรียกว่า นิวเคลียสเป็นโครงสร้างภายในนิวเคลียสของเซลล์ยูคาริโอต และมีบทบาทในการสังเคราะห์โปรตีนที่สำคัญต่อการทำงานของเซลล์ เอนโดสปอร์ของแบคทีเรียทำหน้าที่สำคัญในชีวิตหลายอย่างเช่นเดียวกับสปอร์ของเชื้อรา แต่พวกมันทำโดยไม่มีประโยชน์ของออร์แกเนลล์ที่ซับซ้อนซึ่งมีอยู่ในสปอร์ของรา
