ผลกระทบหลักของการทำลายแหล่งที่อยู่อาศัยคือการลดความหลากหลายทางชีวภาพ ซึ่งหมายถึงความหลากหลายและความอุดมสมบูรณ์ของสัตว์และพืชชนิดต่าง ๆ ในสภาพแวดล้อมเฉพาะ เมื่อสัตว์สูญเสียบ้านตามธรรมชาติหรือที่อยู่อาศัยที่จำเป็นต่อการดำรงชีวิต จำนวนของสัตว์จะลดลงอย่างรวดเร็วและเคลื่อนไปสู่การสูญพันธุ์ คาดว่าสัตว์ 14,000 ถึง 35,000 สายพันธุ์มีความเสี่ยงที่จะสูญพันธุ์ และการทำลายแหล่งที่อยู่อาศัยเป็นหนึ่งในสาเหตุหลัก
การผสมเกสรและการแพร่กระจายของเมล็ด
ทั้งพืชป่าและพืชผลทางการเกษตรอาศัยการผสมเกสรเพื่อการสืบพันธุ์ ผักและผลไม้ ส่วนประกอบสำคัญของอาหารมนุษย์ ขึ้นอยู่กับผึ้งและแมลงอื่นๆ ในการถ่ายโอนละอองเกสรจากดอกไม้หนึ่งไปอีกดอกหนึ่ง เมื่อการทำลายแหล่งที่อยู่อาศัยลดความหลากหลายของแมลงผสมเกสรเหล่านี้ ผลผลิตพืชผลก็ลดลงเช่นกัน ตัวอย่างเช่น ผึ้งที่ไม่มีเหล็กในคอสตาริกาซึ่งทำรังอยู่ในป่าเท่านั้นจะเพิ่มผลผลิตในสวนกาแฟที่ตั้งอยู่ใกล้ผืนป่าถึง 20 เปอร์เซ็นต์ พืชหลายชนิดยังต้องพึ่งพาสัตว์ โดยเฉพาะที่กินผลไม้เพื่อกระจายเมล็ด การทำลายที่อยู่อาศัยของสัตว์ประเภทนี้อาจส่งผลกระทบอย่างรุนแรงต่อสายพันธุ์พืชที่พึ่งพาพวกมัน
ระเบียบสภาพภูมิอากาศ
ความหลากหลายทางชีวภาพส่งผลกระทบต่อสภาพอากาศส่วนใหญ่ผ่านการควบคุมปริมาณคาร์บอนไดออกไซด์ในชั้นบรรยากาศ การทำลายแหล่งที่อยู่อาศัยของป่าลดความสามารถของป่าไม้ในการดูดซับคาร์บอนไดออกไซด์ อัตราการเจริญเติบโตและความเป็นไม้ของพืชกำหนดอัตราการหมุนเวียนของคาร์บอนภายในนั้น รูปแบบภูมิทัศน์ก็มีความสำคัญเช่นกันเนื่องจากการกักเก็บคาร์บอนที่ขอบของเศษป่าลดลง ระบบนิเวศทางทะเลยังมีบทบาทสำคัญในการกักเก็บคาร์บอน
การควบคุมศัตรูพืชและโรค
แมลงศัตรูพืชมักมุ่งเป้าไปที่พืชบางชนิด เมื่อแหล่งอาศัยถูกทำลายและความหลากหลายของพืชลดลง สิ่งแวดล้อมก็ประกอบด้วยพืชบางชนิดมากขึ้น ทำให้ศัตรูพืชแพร่กระจายได้ง่ายขึ้น ความหลากหลายของพืชเป็นที่อยู่อาศัยของแมลงและสัตว์อื่นๆ ที่หลากหลายมากขึ้นและสำหรับศัตรูตามธรรมชาติของศัตรูพืช โรคพืชจากเชื้อราจะรุนแรงมากขึ้นในพื้นที่เพาะเลี้ยงเดี่ยวที่มีการเพาะปลูกพืชชนิดเดียว
ผลกระทบทางอ้อม
การผลิตอาหาร เครื่องนุ่งห่ม และที่พักพิงของมนุษย์ขึ้นอยู่กับความหลากหลายทางชีวภาพของระบบนิเวศทางอ้อมหลายประการ พืชผลทางการเกษตรที่หลากหลายสูงปกป้องเกษตรกรจากความล้มเหลวของพืชผล การทำลายแหล่งที่อยู่อาศัยและการลดลงของความหลากหลายของชนิดพันธุ์สามารถทำให้ระบบนิเวศมีความเสี่ยงต่อสิ่งมีชีวิตที่รุกรานและส่งผลทางอ้อมต่อสุขภาพของมนุษย์และความเป็นอยู่ที่ดี ผลกระทบของสายพันธุ์ที่รุกรานนั้นแสดงให้เห็นโดยสิ่งที่เกิดขึ้นเมื่อมีการนำเบสเข้าไปในทะเลสาบ Gatun ประเทศปานามา การปรากฏตัวของเบสส่งผลให้ตัวอ่อนของยุงลดลงและอุบัติการณ์ของโรคมาลาเรียเพิ่มขึ้น