แม่น้ำในลุ่มน้ำอเมซอนครอบคลุมพื้นที่อย่างน้อย 4,000 ไมล์ ทำให้เป็นพื้นที่น้ำจืดที่ใหญ่ที่สุดในโลก มีพืชน้ำและพืชกึ่งน้ำหลายพันชนิดที่อาศัยอยู่ในแหล่งอาศัยที่หลากหลายของแม่น้ำ ซึ่งรวมถึงลำธารที่ไหลเร็ว บึง หนองน้ำ และแม่น้ำแบล็ควอเตอร์ที่เป็นกรดและไหลช้า ตั้งแต่เดือนพฤศจิกายนถึงมิถุนายน แหล่งน้ำหลักจะท่วมและครอบคลุมพื้นที่ขนาดใหญ่ของป่าโดยรอบ ทำให้ภูมิทัศน์เปลี่ยนแปลงไปอย่างมาก และสร้างที่อยู่อาศัยชั่วคราวใหม่ที่พืชสามารถเจริญเติบโตได้
ชนิดของพืชในแม่น้ำอเมซอน
พันธุ์พืชที่พบในแม่น้ำอเมซอนมีตั้งแต่พันธุ์ไม้น้ำที่ออกดอกไม่เด่นไปจนถึงแพหญ้าลอยน้ำและเถาวัลย์เลื้อยคลาน ตัวอย่างของหญ้าดังกล่าว ได้แก่ พันธุ์พาสพาลัมในน้ำและไผ่กึ่งน้ำ (Bambusa spp.) ที่เติบโตตามริมฝั่งแม่น้ำ
พืชน้ำที่ออกดอกในแม่น้ำอเมซอน ได้แก่ สายพันธุ์ Echinodorus เช่น ใบกว้าง ต้นดาบอเมซอนแคระ (Echinodorus quadricostatus) ซึ่งชอบสภาพสลัวของน้ำดำ แม่น้ำ ไม้ดอกอื่นๆ ในแม่น้ำอเมซอน ได้แก่ หญ้าดาวน้ำอ่อน (Heteranthera zosterifolia), มิลฟอยล์ (Myriophyllum) elatinoides) ที่มีเกลียวเป็นขนนก และต้นหญ้าอเมซอน (Lilaeopsis brasiliensis) ซึ่งถึงแม้จะชื่อก็ไม่ใช่ หญ้า. แม่น้ำอเมซอนยังเป็นที่ตั้งของ Victoria amazonica ที่น่าประทับใจและดอกบัวชนิดอื่นๆ
เถาวัลย์อิงอาศัยเป็นเรื่องธรรมดาในแม่น้ำอเมซอน และเถาวัลย์เหล่านี้จำนวนมากมีลักษณะเป็นน้ำหรือกึ่งน้ำ ซึ่งเติบโตในหนองน้ำที่เคลื่อนตัวช้า ตัวอย่างของเถาวัลย์ดังกล่าว ได้แก่ เถาวัลย์ Cissus ที่เป็นไม้ ซึ่งเป็นสมาชิกของตระกูลองุ่น Vitaceae