แม้แต่นักวิทยาศาสตร์ก็ยังไม่แน่ใจ 100 เปอร์เซ็นต์ว่าจีโอดอเมทิสต์ก่อตัวอย่างไร หรือจีโอดก่อตัวอย่างไร ยังไม่มีการวิจัยมากนัก เนื่องจาก geodes เป็นเพียงสิ่งผิดปกติทางวิทยาศาสตร์ที่สนุกสนาน และมีประโยชน์ทางวิทยาศาสตร์เพียงเล็กน้อย (ถ้ามี) เป็นหินที่ภายนอกดูเรียบๆ แต่เมื่อเปิดออกเผยให้เห็นโพรงตรงกลางที่เต็มไปด้วยคริสตัลที่สวยงาม ฉันทามติทางวิทยาศาสตร์ทั่วไปคือว่าอเมทิสต์ geodes ถูกสร้างขึ้นในกระบวนการสองขั้นตอน อย่างแรกคือการก่อตัวของโพรงและการก่อตัวของผลึก
จีโอดอเมทิสต์เป็นหินกลวงที่มีผลึกอเมทิสต์บุผนังด้านใน ดังนั้นก่อนอื่นจะต้องสร้างโพรง สิ่งนี้สามารถเกิดขึ้นได้ทุกที่ที่มีหรือเป็นลาวาใกล้กับพื้นผิวโลก ส่งผลให้สามารถพบจีโอดอเมทิสต์ได้ในหลายพันแห่งทั่วโลก ขั้นตอนแรกในกระบวนการทางธรรมชาติที่สร้างจีโอดอเมทิสต์คือการก่อตัวของโพรงก๊าซในลาวา โพรงก๊าซสามารถเกิดขึ้นได้จากฟองอากาศ (เช่นเดียวกับที่คาร์บอเนตทำให้เกิดฟองในโซดาของคุณ) นักวิทยาศาสตร์บางคนตั้งทฤษฎีว่าฟันผุสามารถก่อตัวได้เมื่อลาวาเย็นลงใกล้รากไม้หรือสิ่งอื่น ๆ ที่ยื่นออกมาจากพื้นดิน ลาวาที่เย็นตัวจะแข็งตัวเต็มที่ก่อนที่จะเติมลงไปรอบๆ โขดหิน ทำให้เกิดโพรง
จากนั้นโพรงจะเติมของเหลวที่อุดมด้วยซิลิกาซึ่งมีธาตุเหล็กในปริมาณเล็กน้อย เมื่อเวลาผ่านไป ของเหลวนี้จะก่อตัวเป็นผลึก -- พีระมิดหกด้าน (รูปสี่เหลี่ยมขนมเปียกปูน) ของอเมทิสต์ คริสตัลที่มีสีตั้งแต่ม่วงอ่อนไปจนถึงม่วงเข้มจะเกิดขึ้นเมื่อมีธาตุเหล็กในของเหลว ส่งผลให้เกิดจีโอดอเมทิสต์