สภาพแวดล้อมน้ำจืดและทางทะเลเป็นจุดเริ่มต้นของระบบนิเวศทางน้ำ สภาพแวดล้อมทางทะเลมีความเค็มสูง (ความเข้มข้นของเกลือ) ในขณะที่พื้นที่น้ำจืดมักจะมีน้อยกว่า 1 เปอร์เซ็นต์ ระบบนิเวศน้ำจืดรวมถึงบ่อน้ำและทะเลสาบตลอดจนแม่น้ำและลำธาร ระบบนิเวศทางทะเลรวมถึงมหาสมุทรและแนวปะการัง
บ่อน้ำและทะเลสาบ
บ่อน้ำและทะเลสาบเป็นแอ่งน้ำที่ค่อนข้างนิ่ง โดยมีกระแสน้ำเพียงเล็กน้อยหรือไม่มีเลย ซึ่งโดยทั่วไปแล้วจะแยกออกจากแหล่งน้ำอื่นๆ เช่น แม่น้ำและมหาสมุทร แบ่งออกเป็นสามโซนที่แตกต่างกัน: littoral, limnetic และ profundal แนวชายฝั่งถือเป็นเขตที่ใกล้ชายฝั่งที่สุด ด้วยการสัมผัสกับแสงแดดและน้ำตื้นในระดับสูง ซึ่งมักจะเป็นพื้นที่ที่มีความหลากหลายทางชีวภาพมากที่สุดในทะเลสาบหรือสระน้ำที่กำหนด เป็นที่อยู่อาศัยของสัตว์ครึ่งบกครึ่งน้ำ นกน้ำ ครัสเตเชีย แมลง ปลา และสาหร่ายหลายชนิด รวมทั้งลอยและหยั่งราก พืช เขตลิมเนติกประกอบด้วยพื้นที่ของทะเลสาบ/สระน้ำที่อยู่ไกลจากฝั่งแต่ใกล้กับผิวน้ำมากที่สุด บริเวณนี้มีความหลากหลายน้อยกว่าเขตชายฝั่ง แต่กว้างกว่าเขตลึกเนื่องจากมีการสัมผัสกับแสงแดดในระดับสูง โซนลึกประกอบด้วยบริเวณที่ลึกที่สุดของสระน้ำหรือทะเลสาบ ชีวิตที่ลึกซึ้งนั้นถูกครอบงำโดยแบคทีเรียและแพลงก์ตอนโดยเฉพาะเกือบทั้งหมด
แม่น้ำและลำธาร
แม่น้ำและลำธารคือแหล่งน้ำที่ไหลมาจากแหล่งกำเนิด เช่น น้ำพุหรือการหลอมเหลว ธารน้ำแข็ง ถึงปาก ซึ่งอาจอยู่ในมหาสมุทร ลำธารหรือแม่น้ำที่ใหญ่กว่า หรืออื่นๆ อีกประเภทหนึ่ง อ่างเก็บน้ำ. เมื่อน้ำเดินทางจากแหล่งกำเนิดสู่ปาก สภาพแวดล้อมของระบบนิเวศก็เปลี่ยนแปลงไปอย่างมาก แหล่งที่มาของลำธารหรือแม่น้ำมีระดับความบริสุทธิ์และปริมาณออกซิเจนสูงสุด กระแสน้ำไหลเชี่ยวรวบรวมเศษซากในกระแสน้ำตลอดเส้นทาง เมื่อน้ำถึงปากน้ำก็จะขุ่น เป็นผลให้แสงแดดส่องผ่านพื้นผิวเพียงเล็กน้อยและชีวิตพืชก็หายาก พันธุ์ปลา เช่น ปลาดุก เจริญเติบโตได้ในพื้นที่เหล่านี้ สามารถอยู่รอดได้ภายใต้สภาวะที่มีออกซิเจนต่ำ
มหาสมุทร
มหาสมุทรเป็นระบบนิเวศที่มีความหลากหลายและกว้างขวางที่สุดในโลก ระบบนิเวศของมหาสมุทรแบ่งออกเป็นสี่โซน: น้ำขึ้นน้ำลง, ทะเล, สัตว์หน้าดินและก้นบึ้ง เขตน้ำขึ้นน้ำลงประกอบด้วยบริเวณที่น้ำทะเลมาบรรจบกับพื้นดิน โซนนี้เป็นแบบไดนามิกมากเนื่องจากการกระทำของกระแสน้ำคงที่ ตามกฎทั่วไป ความหลากหลายของชนิดพันธุ์จะสูงกว่าในเขตน้ำขึ้นน้ำลงซึ่งส่วนใหญ่มักจะจมอยู่ใต้น้ำ คล้ายกับเขตลิมเนติกในทะเลสาบ เขตทะเลประกอบด้วยมหาสมุทรเปิดที่อยู่ห่างจากฝั่งแต่ใกล้กับผิวน้ำมากขึ้น ปลา พืชน้ำ และสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมขนาดใหญ่หลายชนิดอาศัยอยู่ในภูมิภาคนี้ โซนหน้าดินและก้นเหวประกอบด้วยบริเวณที่ลึกที่สุดและลึกที่สุดเป็นอันดับสองของมหาสมุทรตามลำดับ เนื่องจากความกดอากาศสูง ความมืด และอุณหภูมิที่หนาวเย็น โซนเหล่านี้จึงมีรูปแบบชีวิตที่แตกต่างกันมาก พืชและแบคทีเรียในบริเวณก้นบึ้งจะเก็บเอาพลังงานเคมีจากช่องระบายความร้อนใต้พื้นผิวมหาสมุทรเพื่อความอยู่รอดโดยปราศจากแสงแดด
แนวปะการัง
ระบบนิเวศของแนวปะการังตั้งอยู่ในมหาสมุทร แต่เนื่องจากองค์ประกอบทางกายภาพและชีวภาพ พวกมันจึงแตกต่างจากระบบนิเวศทางทะเลอื่นๆ แนวปะการังก่อตัวขึ้นในน้ำตื้นที่มีอุณหภูมิอบอุ่น ระบบนิเวศเหล่านี้หลายแห่งได้ก่อตัวขึ้นตามแนวชายฝั่งของทวีปต่างๆ แม้ว่ามันอาจจะดูเหมือนก้อนหินขนาดใหญ่ แต่จริงๆ แล้วแนวปะการังประกอบด้วยอาณานิคมของสัตว์ที่มีชีวิตซึ่งยึดตัวเองไว้ในเปลือกแคลเซียมคาร์บอเนตที่แข็ง อาณานิคมเหล่านี้มีความสัมพันธ์ทางชีวภาพกับซูแซนเทลลี ซึ่งเป็นสาหร่ายชนิดหนึ่งที่อาศัยอยู่ภายในและให้อาหารแก่ปะการัง แม้ว่าพวกมันจะครอบคลุมพื้นที่ค่อนข้างน้อย แต่แนวปะการังเป็นระบบนิเวศที่มีความหลากหลายทางชีวภาพมากที่สุดในโลก ฟองน้ำ ครัสเตเชีย ดอกไม้ทะเล ปลา สาหร่าย พืชน้ำ และแมลงหลากหลายชนิดอาศัยอยู่เฉพาะในระบบนิเวศของแนวปะการัง