ฮอนดูรัสเป็นประเทศที่ใหญ่เป็นอันดับสองในอเมริกากลาง ครอบคลุมคอคอดตั้งแต่แคริบเบียนไปจนถึงแปซิฟิก แม้จะมีการตัดไม้ทำลายป่าอย่างรุนแรง แต่ฮอนดูรัสยังคงรักษาพื้นที่ป่ามากกว่าประเทศอื่น ๆ ส่วนใหญ่ในภูมิภาค ป่าหลายชนิดครองภูมิทัศน์ รวมทั้งป่าเมฆ ป่าสน ป่าดิบชื้น และป่าชายเลน พันธุ์พืชและสัตว์มีอยู่มากมายในระบบนิเวศป่าไม้ที่หลากหลายของฮอนดูรัส รวมถึงสายพันธุ์ที่หายไปจากส่วนที่เหลือของภูมิภาค มีการจัดสรรที่หลบภัยสัตว์ป่าฮอนดูรัสมากกว่าหนึ่งแห่งเพื่อปกป้องความหลากหลายของชีวิตในพื้นที่
สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมในฮอนดูรัส
พบสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมมากกว่า 200 สายพันธุ์ในป่าฮอนดูรัส สัตว์หายากหลายชนิดรวมอยู่ในสัตว์ฮอนดูรัส ค้างคาว (Chiroptera) เป็นสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมเกือบครึ่งในประเทศโดยมี 98 สายพันธุ์ที่รู้จักซึ่งครอบครองระบบนิเวศป่าไม้ทุกแห่ง จากัวร์ที่เป็นสัญลักษณ์ (Panthera onca) เป็นหนึ่งในสายพันธุ์ที่หายากที่สุดในอเมริกากลางทั้งหมด เสือจากัวร์เป็นสัตว์ใกล้สูญพันธุ์ในฮอนดูรัสที่พบได้บ่อยที่สุดในพื้นที่ป่าชายเลน พะยูนอินเดียตะวันตก (Trichechus manatus) ซึ่งครั้งหนึ่งเคยพบเห็นได้ทั่วไปตามชายฝั่งทะเลแคริบเบียนของฮอนดูรัส ปัจจุบันไม่ค่อยพบเห็น ยกเว้นในพื้นที่ป่าชายเลนที่ห่างไกล สัตว์ประจำชาติฮอนดูรัส กวางหางขาว (Odocoileus virginianus) เป็นกวางสายพันธุ์ที่ใหญ่ที่สุดในประเทศ กวางหางขาวมักพบเห็นได้ทั่วไปในที่ราบลุ่มและป่าสน เป็นสัตว์คุ้มครอง ลิงหลากหลายชนิดยังพบได้ในฮอนดูรัส รวมทั้งคาปูชินหัวขาว (Cebus capucinus) ลิงแมงมุมเม็กซิกัน (Ateles geoffroyi vellerosus) และลิงฮาวเลอร์ห่มทอง (Alouatta palliata ปัลลิตา).
ความอุดมสมบูรณ์ของนก
ฮอนดูรัสมีนกหลากหลายสายพันธุ์ที่อุดมสมบูรณ์เป็นพิเศษ มีนกแก้วถึง 18 สายพันธุ์ ได้แก่ นกแก้วคางสีส้ม (Brotogeris jugularis), มาคอว์เขียวใหญ่ (Ara ambigua), นกแก้วแปซิฟิก (Aratinga strenua) และนกมาคอว์สีแดง (Ara macao) ซึ่งเป็นนกประจำชาติของฮอนดูรัส นกนางแอ่นหัวดำ ( Notiochelidon pileata) พบในป่าเขตร้อนที่ระดับความสูงสูง เป็นนกอพยพที่พบได้ทั่วไปในฮอนดูรัส นกทูแคนที่มีขากรรไกรล่าง ( Ramphastos swainsonii ) เป็นสัตว์ที่พบได้บ่อยในป่าที่ราบลุ่มชายฝั่งของฮอนดูรัส ขึ้นชื่อเรื่องใบหน้าสีสดใสและปากที่เกินจริง บางครั้งพวกมันถูกเลี้ยงไว้เป็นสัตว์เลี้ยงแม้จะเป็นสัตว์คุ้มครองก็ตาม
ต้นไม้เขตร้อน
ระบบนิเวศของป่าไม้แต่ละชนิดมีชนิดพันธุ์ที่สำคัญ หมายความว่าหนึ่งชนิดเป็นตัวกำหนดประเภทของป่า ในฮอนดูรัส ต้นโกงกางดำ (Avicennia germinans) และป่าชายเลนแดง (Rhizopora mangle) บ่งบอกถึงขอบเขตของระบบนิเวศป่าชายเลน ต้นไม้มะฮอกกานี (Swietenia macrophylla) บางครั้งก็ปะปนอยู่กับป่าชายเลนบนพื้นที่แห้ง ซึ่งบ่งบอกถึงจุดเริ่มต้นของป่าสนที่ราบลุ่มชายฝั่ง ต้นสนฮอนดูรัส (Pinus caribaea var. ฮอนดูเรนซิส) และต้นสนโอโคเต้ (Pinus oocarpa) เป็นต้นสนเพียงสองสายพันธุ์ในประเทศ ถึงแม้ว่าพวกมันจะครองผืนป่าที่ราบลุ่มขนาดใหญ่ ต้นไม้ที่น่าประทับใจที่สุดแห่งหนึ่งในฮอนดูรัสคือ ceiba (Ceiba pentandra) บางครั้งเรียกว่า นุ่น เป็นต้นไม้ขนาดใหญ่ที่สามารถสูงถึง 250 ฟุตและมีลำต้นขนาดเส้นผ่านศูนย์กลาง 10 ฟุต
ไม้ดอก
พืชพรรณของฮอนดูรัสอุดมสมบูรณ์มาก นักวิทยาศาสตร์ประเมินว่ามีพืชมากกว่า 5,000 สายพันธุ์ในฮอนดูรัส พืชไม้ดอกมีอยู่มากในพื้นที่ส่วนใหญ่ของประเทศ ซึ่งเป็นแหล่งอาหารของแมลงและนกนานาพันธุ์ พืชที่อุดมสมบูรณ์ที่สุดแห่งหนึ่งในฮอนดูรัสคือปราชญ์ (ซัลเวีย) ปราชญ์ลูกพีช (ซัลเวีย โดริเซียนา), ปราชญ์ของคาร์วินสกี้ (ส. karwinskii) และปราชญ์เถาวัลย์สีน้ำเงิน (Salvia cacaliifolia) ล้วนเป็นไม้พุ่ม พันธุ์ไม้ยืนต้นที่งอกงามในป่าดิบเขาที่เย็นยะเยือกของฮอนดูรัสตอนกลาง ดอกบัวเหลือง (Nelumbo lutea) ที่เคยเป็นแหล่งอาหารของชนเผ่าพื้นเมือง เป็นหนึ่งในไม้ดอกเพียงไม่กี่ชนิดที่พบในป่าชายเลน เป็นที่รู้จักจากดอกไม้รูปถ้วยสีเหลือง มักปลูกในสวนน้ำเป็นไม้ประดับ