ทะเลทรายมีเชื้อราหลายชนิด อาณานิคมของเชื้อราในทะเลทรายบางชนิดสามารถอยู่ได้นานนับล้านปีโดยการขยายกระบวนการพัฒนา คนอื่นสร้างความสัมพันธ์ทางชีวภาพกับสิ่งมีชีวิตอื่นเพื่อความอยู่รอด เชื้อราในทะเลทรายสามารถอยู่เฉยๆในดินทะเลทรายจนกว่าจะถูกรบกวน จากนั้นโจมตีด้วยสปอร์ที่เป็นพิษที่ก่อให้เกิดการเจ็บป่วยที่รุนแรง เชื้อราในทะเลทรายบางชนิดสามารถทาสีผืนผ้าใบทะเลทรายด้วยสีสันที่สดใส
ไลเคน
ไลเคนหรือที่รู้จักในชื่อ "พืชผู้บุกเบิก" เป็นสิ่งมีชีวิตขนาดเล็กที่สามารถทนต่อสภาพแวดล้อมที่เลวร้าย ร้อนและเย็น และความแห้งแล้งได้ ร่างกายของไลเคนหรือแทลลัสประกอบด้วยสาหร่ายและเชื้อราที่เติบโตร่วมกันในความสัมพันธ์ทางชีวภาพ เซลล์สาหร่ายให้สารอาหารสำหรับเชื้อรา และเชื้อราป้องกันสาหร่ายจากสภาวะบรรยากาศ
ไลเคนสามารถเติบโตได้บนพื้นผิวที่ผิดปกติ เช่น ทราย หิน ดิน กระดูกสัตว์ และโลหะที่เป็นสนิม ไลเคนเติบโตในหลากหลายสี เช่น เฉดสีแดง ส้ม เหลือง เขียว และน้ำตาล เชื้อรามากกว่าหนึ่งโหลสามารถเติบโตได้บนก้อนหินก้อนเดียว
รู้จักไลเคนประมาณ 15,000 สายพันธุ์ ไลเคนบางชนิด เช่น ครัสโตสไลเคน (เชื้อราที่มีลักษณะคล้ายเปลือกโลก) สามารถมีชีวิตอยู่ได้หลายร้อยหรือหลายพันปีเนื่องจากอัตราการเติบโตที่ช้า ไลเคน Crustose สามารถพัฒนาบนโขดหิน ไลเคนบางชนิดใกล้สูญพันธุ์เพราะอากาศและน้ำฝนที่ปนเปื้อนสามารถทำลายเซลล์สาหร่ายและฆ่าคู่ของเชื้อราได้
ไมคอร์ไรซา
Mycorrhizae เป็นระบบพืชเชื้อราที่พัฒนาความสัมพันธ์ทางชีวภาพกับรากพืช รากให้สารอาหารที่จำเป็นและเป็นแหล่งสำหรับติดเชื้อรา เชื้อราปกป้องพืชจากการถูกทำร้าย เช่น เชื้อโรค และเส้นใยของเชื้อราทำงานเป็นระบบรากเพื่อช่วยให้พืชได้รับน้ำและสารอาหารเพิ่มเติม เมื่อความสัมพันธ์ได้รับการพัฒนาแล้ว พืชสามารถพึ่งพา Mycorrhizae ได้เมื่อขาดสารอาหาร
Mycorrhizae แบ่งออกเป็นสองประเภท - ectomycorrhizae และ endomycorrhizae Ectomycorrhizae สร้างสิ่งปกคลุมรอบรากของพืช สิ่งปกคลุมจะเติบโต hyphae (องค์ประกอบที่มีลักษณะคล้ายเส้นด้ายของร่างกายของเชื้อรา) ไปสู่รากแล้วจึงลงสู่ดิน เอ็นโดไมคอร์ไรซาเติบโตในเซลล์แล้วลงดิน เชื้อราช่วยเพิ่มความต้านทานความแห้งแล้ง ภูมิคุ้มกันโรค และการดูดซึมสารอาหารสำหรับพืชเจ้าบ้าน
เห็ด
Podaxis หรือแผงคอขนดกทะเลทราย พบได้ในทะเลทรายโซโนรันและทะเลทรายอื่นๆ ทั่วโลก Podaxis เกี่ยวข้องกับเชื้อราในวงศ์ Agricaceae เชื้อรามีลักษณะคล้ายพัฟบอล มันเป็นไม้และเส้นใย ร่างกายที่ผลิดอกของ Podaxis เกิดจากดินทะเลทราย ดินทราย และริมถนนหลังฤดูฝน แต่ถ้าฝนไม่มา ร่างผลก็จะไม่โผล่ออกมา ไพลุส (ฝา) ปิดสนิทในระหว่างกระบวนการพัฒนาเพื่อปกป้องเนื้อเยื่อที่อุดมสมบูรณ์ เหงือก และสปอร์ที่มีผนังสองชั้นไม่ให้แห้ง
Coccidioides
สกุล Coccidioides เป็นเชื้อราในดินที่ประกอบด้วยสองชนิดคือ Coccidioides immitis และ Coccidioides posadasii ทั้งสองชนิดพบได้ในดินทะเลทรายของอเมริกาเหนือและใต้ แต่ละสายพันธุ์สร้างเส้นใยและสปอร์ในดิน เมื่อดินที่มีสปอร์ถูกรบกวนโดยมนุษย์หรือการจู่โจมตามธรรมชาติ เช่น พายุฝุ่น สปอร์จะลอยอยู่ในอากาศ การสูดดมสปอร์อาจทำให้เกิดการติดเชื้อราที่ไม่ติดต่อที่เรียกว่า Coccidiodomycosis หรือไข้ในหุบเขา ในบางกรณีที่พบไม่บ่อยนัก หากสูดดมสปอร์จำนวนมหาศาลจากทั้งสองสายพันธุ์ อาจถึงแก่ชีวิตได้