ชีวิตเจริญรุ่งเรืองในป่าฝนและสภาพแวดล้อมทางทะเลของคอสตาริกา (หนึ่งใน 20 ของพันธุ์พืชและสัตว์ทั้งหมดอาจพบได้ในคอสตา ริกา) แต่ยังมีสัตว์กว่า 100 ชนิดในสหภาพนานาชาติเพื่อการอนุรักษ์ธรรมชาติและทรัพยากรธรรมชาติที่ใกล้สูญพันธุ์ รายการ. การตัดไม้ทำลายป่า การเปลี่ยนถิ่นที่อยู่ และมลภาวะเป็นสาเหตุของการลดทอนของสัตว์หลายชนิด
สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม
คอสตาริกามีประชากรค้างคาวที่ร่ำรวยที่สุดแห่งหนึ่งของโลก ซึ่งประกอบด้วยประชากรสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมครึ่งหนึ่ง ค้างคาวสายพันธุ์ในรายการมีตั้งแต่ค้างคาวนักล่าขนาดใหญ่ไปจนถึงค้างคาวขาวฮอนดูรัสที่มีความยาวเพียง 37 ถึง 47 มม. แม้ว่าทั้งสองจะมีความเสี่ยงต่ำ แมวเช่นแมวด่างน้อย, เสือภูเขาคอสตาริกาและจากัวร์ในอเมริกากลางถูกไล่ล่าจากพวกมัน แหล่งที่อยู่อาศัย และต้นฝ้ายทามาริน ฮาวเลอร์และลิงแมงมุมของเจฟฟรอยลดลงอย่างมาก สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมที่ถูกคุกคามอื่นๆ ได้แก่ ตัวกินมดยักษ์ กวางแซมบาร์ และสมเสร็จของแบร์ด
นก
คอสตาริกาเป็นบ้านของนก 894 สายพันธุ์ มากกว่าในสหรัฐอเมริกาและแคนาดารวมกัน ในจำนวนนี้มีมากกว่า 600 คนเป็นผู้อยู่อาศัยถาวร รวมถึงนกร่มคอเปล่าที่ถูกคุกคาม กวนดำ และทาเนเจอร์สีน้ำเงินและสีทอง แต่นกอย่างนกกระจิบเซรูเลียนและนกนางนวลที่สง่างามเป็นนกอพยพ นกฟินช์เกาะโคโคสอาศัยอยู่บนเกาะโคโคส ห่างจากชายฝั่งคอสตาริกา 360 ไมล์ เป็นนกฟินช์เพียงตัวเดียวของดาร์วินที่ไม่ได้มีเฉพาะถิ่นในกาลาปากอส นกที่ถูกคุกคามอื่นๆ ได้แก่ นกอินทรีย์ที่คุ้นเคย เช่น นกอินทรี (นกอินทรีย์เดี่ยวสีดำ) นกมาคอว์ (มาคอว์สีเขียวผู้ยิ่งใหญ่) นกฮัมมิงเบิร์ด (นกฮัมมิงเบิร์ดป่าชายเลน) และนกแก้ว (นกแก้วหน้าแดง)
สัตว์เลื้อยคลานและสัตว์ครึ่งบกครึ่งน้ำ
อีกัวน่าหางหนามห้าแฉกและเต่าโคลนสะพานแคบเป็นสัตว์เลื้อยคลานไม่กี่ชนิดที่ใกล้สูญพันธุ์ แต่มีอีกหลายอย่าง สัตว์สะเทินน้ำสะเทินบกที่ถูกคุกคาม ซึ่งส่วนใหญ่เป็นกบหรือซาลาแมนเดอร์ ซึ่งโดยทั่วไปแล้วจะเป็นตัวแทนของความหลากหลายอย่างมากในป่าฝน สภาพแวดล้อม กบใบลีเมอร์และกบต้นไม้ของสตาร์เร็ตต์ถูกระบุว่าใกล้สูญพันธุ์อย่างยิ่ง เช่นเดียวกับซาลาแมนเดอร์หนอน El Empalme และคางคกสองสายพันธุ์: คางคก Pico Blanco และคางคกปากแหลม คางคกสีทอง Monte Verde ไม่ได้เห็นมาตั้งแต่ปี 1989 และถือว่าสูญพันธุ์
ปลา
ปลาคอสตาริกาส่วนใหญ่ในรายการสัตว์ใกล้สูญพันธุ์นั้นใกล้ถูกคุกคามหรือเปราะบาง ได้แก่ ปลาเก๋ามะกอก ม้าน้ำแปซิฟิก และปลาฉลามมงกุฎ นอกจากนี้ยังมีรังสีจำนวนหนึ่งอยู่ในรายการ เช่น รังสีเป้าในมหาสมุทรแปซิฟิก และรังสีคาวโนสในมหาสมุทรแอตแลนติก
สัตว์ไม่มีกระดูกสันหลัง
มีเงาดำที่ใกล้สูญพันธุ์จำนวนหนึ่ง แมลงที่มีลักษณะคล้ายแมลงปอ เหล่านี้รวมถึงสปีชีส์หลังดำ ยาว chiriquita โกโก้ และเรเวนตาซอน แมลงที่ใกล้สูญพันธุ์อื่น ๆ จำนวนมากเป็นแมลงปอที่มีหางเหมือนแมลงปอ เช่น ลิมง มีหลังค่อม คาทาโก ภูเขาไฟ อาลาฮัวลา และสัตว์มีเขา ปูน้ำจืด 2 สายพันธุ์และปะการังทะเลอีกหลายชนิดอยู่ในรายชื่อ IUCN
พืช
มีพืชกว่า 9,000 สายพันธุ์ที่รู้จักในคอสตาริกา พืชที่ใกล้สูญพันธุ์รวมถึงสมาชิกในตระกูลพืชตระกูลถั่วเช่น abarema และ lancepod ซึ่งส่วนหลังได้ชื่อมาจากผลคล้ายใบหอก นอกจากนี้ ยังมีไม้ดอก eugenia 24 สายพันธุ์ quararibea พืชหอม 9 สายพันธุ์ และ สกุลวิโรลาสองชนิดซึ่งสัมพันธ์กันอย่างใกล้ชิดกับลูกจันทน์เทศและมีดอกสีเหลืองฉุน กลิ่น. สกุลที่สำคัญอื่น ๆ ที่คุกคาม ได้แก่ Coralberry, cryosophila ปาล์มพัดและไม้ผลัดใบที่เขียวชอุ่มตลอดปีหรือฤดูแล้ง สบู่ดำคอสตาริกา ต้นมันิลคารา และต้นกาวิลัน บลังโก เป็นพืชที่ถูกคุกคามโดยเฉพาะ