ตั้งอยู่บางส่วนภายในเทือกเขาแอนดีสตอนเหนือ โดยมีแนวชายฝั่งทั้งมหาสมุทรแปซิฟิกและทะเลแคริบเบียน ภูมิศาสตร์อันเป็นเอกลักษณ์ของโคลอมเบียทำให้เกิดระบบนิเวศที่โดดเด่นอย่างมากห้าแห่งภายในเขตแดน: ทุนดราอัลไพน์หรือ พาราโม; ป่าฝน; ป่าเมฆบนที่สูง บริเวณชายฝั่งทะเล; และที่ราบ -- หรือลอส llanos เนื่องจากโคลัมเบียอยู่ใกล้กับเส้นศูนย์สูตรมาก จึงไม่มีการเปลี่ยนแปลงตามฤดูกาลอย่างมีนัยสำคัญ
พารามอส
Paramos เป็นระบบนิเวศเขตร้อนในระดับสูงที่เพิ่งเริ่มเข้าใจโดยชุมชนวิทยาศาสตร์ การวิจัยระบุว่าระบบนิเวศที่เป็นเอกลักษณ์เหล่านี้สร้างสายพันธุ์ใหม่ได้เร็วกว่าระบบนิเวศอื่น ๆ บนโลก Paramos ของโคลอมเบียเป็นที่อยู่ของ Frailejones 68 สายพันธุ์ ซึ่งเป็นไม้ดอกที่ดักจับน้ำจากหมอกที่พัดผ่าน ร่วมกับไลเคนและตะไคร่น้ำของระบบนิเวศ frailejones กรองและควบคุมน้ำที่ในที่สุดก็ไหลลงสู่ที่ต่ำของโคลัมเบีย Paramos ของโคลอมเบียยังเป็นที่อยู่ของพืชอื่นๆ อีกประมาณ 5,000 สายพันธุ์
ป่าเมฆ
การนั่งอยู่ใต้พารามอสในระดับความสูงเป็นป่าเมฆของโคลอมเบีย ป่าเหล่านี้รวมอยู่ในอุทยานแห่งชาติ Las Orquídeas ของประเทศ ซึ่งตั้งชื่อตามกล้วยไม้กว่า 200 สายพันธุ์ที่พบในที่นั่น ป่าเมฆยังมีสายพันธุ์อื่นๆ อีกหลายชนิดที่มีถิ่นกำเนิดในโคลัมเบีย รวมทั้งจากัวร์ เสือพูมา ลิง กวาง นก ค้างคาว และแมลง ป่าเมฆยังเป็นที่อยู่ของหมีแว่นที่ใกล้สูญพันธุ์อีกด้วย นักวิทยาศาสตร์เชื่อว่าการเปลี่ยนแปลงของสภาพอากาศอาจส่งผลกระทบต่อพืชโปรดของหมีที่จะกิน ทำให้พวกเขาต้องค้นหาอาหารให้หนักขึ้นและไกลขึ้น และอาจแข่งขันกับสายพันธุ์อื่นๆ
ป่าฝนอเมซอน
ประมาณหนึ่งในสามของโคลอมเบียถูกปกคลุมด้วยอเมซอน เช่นเดียวกับป่าดิบชื้นที่ใหญ่ที่สุดในโลก บริเวณนี้เป็นที่อยู่ของสายพันธุ์ที่มีเอกลักษณ์มากมาย ในปี 2013 นักวิจัยได้เปิดเผยการค้นพบสายพันธุ์ใหม่ 2 สายพันธุ์ในอเมซอนของโคลอมเบีย ได้แก่ Cercosaura hypnoides และ Callicebus caquetensis Cercosaura hypnoides เป็นจิ้งจกสีดำตัวเล็ก ๆ ที่คิดว่าใกล้สูญพันธุ์และ Callicebus caquetensis เป็นหนึ่งในลิงทิติประมาณ 20 สายพันธุ์ที่อาศัยอยู่ในอเมซอน เมื่อลิงเหล่านี้เป็นทารก พวกมันจะแสดงความพึงพอใจและความเสน่หาด้วยการครางเหมือนลูกแมว
ภูมิภาคชายฝั่ง
บริเวณชายฝั่งทะเลของโคลอมเบียตั้งอยู่บริเวณพรมแดนของระบบนิเวศทางน้ำและบนบก โดยส่วนใหญ่เป็นที่อยู่อาศัยของป่าชายเลน เนื่องจากมีอินทรียวัตถุจำนวนมากที่ย่อยสลายได้ ระบบนิเวศชายฝั่งเหล่านี้จึงเป็นที่อยู่ของปลาจำนวนมาก ป่าชายเลนมีป่าชายเลนหลายสายพันธ์ รวมทั้งมีหอยสองฝาและหอยที่มีจำนวนเพิ่มขึ้นเรื่อยๆ ชุมชนท้องถิ่นมักเก็บเกี่ยวหอยสองฝาที่เรียกว่าเปียงกัวเฮมบรา สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมจำนวนหนึ่งอาศัยอยู่ในป่าชายเลนเหล่านี้ รวมทั้งแมวเสือ นูเตรีย และหมูป่าที่รู้จักกันในชื่อ "ทาทาโบร"
ลอส ยานอส (เพลนส์)
ทุ่งหญ้าหรือ Los Llanos ส่วนใหญ่ตั้งอยู่รอบลุ่มน้ำ Orinoco ซึ่งตั้งอยู่ระหว่างโคลอมเบียและเวเนซุเอลา แม่น้ำเป็นที่อยู่ของจระเข้ Orinoco พื้นเมืองและใกล้สูญพันธุ์ ซึ่งทราบกันดีว่ามีความยาวถึง 23 ฟุต เต่าโอรีโนโก นากยักษ์ อาร์มาดิลโลยักษ์ และอินทรีดำและเกาลัดเป็นสัตว์ใกล้สูญพันธุ์อื่น ๆ ของ Los Llanos ที่ราบยังเป็นแหล่งอาศัยของนกอพยพจำนวนมาก เช่น นกขาเหลืองและนกปากซ่อมหลายสายพันธุ์