ระบบนิเวศทางน้ำประกอบด้วยสิ่งมีชีวิตที่มีปฏิสัมพันธ์กันซึ่งใช้ซึ่งกันและกันและน้ำที่พวกมันอาศัยอยู่หรืออยู่ใกล้เพื่อเป็นสารอาหารและที่พักพิง ระบบนิเวศทางน้ำแบ่งออกเป็นสองกลุ่มใหญ่ ๆ ได้แก่ ทะเลหรือน้ำเค็ม และน้ำจืด ซึ่งบางครั้งเรียกว่าน้ำจืดหรือน้ำเค็ม สิ่งเหล่านี้สามารถแบ่งย่อยเพิ่มเติมได้ แต่ประเภททะเลมักจะถูกจัดกลุ่มเข้าด้วยกันมากกว่าระบบนิเวศน้ำจืด
ระบบนิเวศที่ใหญ่ที่สุด
มหาสมุทรเป็นระบบนิเวศที่ใหญ่ที่สุด ครอบคลุมพื้นที่มากกว่า 70 เปอร์เซ็นต์ของพื้นผิวโลก ระบบนิเวศของมหาสมุทรแบ่งออกเป็นสี่โซนที่แตกต่างกัน โซนที่ลึกที่สุดของระบบนิเวศทางทะเลนี้คือโซนก้นบึ้ง มีน้ำเย็นแรงดันสูงที่มีออกซิเจนสูงแต่มีสารอาหารในระดับต่ำ แนวสันเขาและช่องระบายอากาศบนพื้นมหาสมุทรที่ปล่อยไฮโดรเจนซัลไฟด์และแร่ธาตุอยู่ในโซนนี้ เหนือเขตก้นเหวเป็นโซนหน้าดิน ซึ่งเป็นชั้นที่อุดมด้วยสารอาหารซึ่งประกอบด้วยสาหร่าย แบคทีเรีย เชื้อรา ฟองน้ำ ปลา และสัตว์อื่นๆ ด้านบนนี้เป็นเขตทะเล ซึ่งโดยพื้นฐานแล้วเป็นมหาสมุทรเปิด ซึ่งมีน้ำที่มีช่วงอุณหภูมิกว้าง สาหร่ายผิวน้ำ และปลาหลายชนิด รวมทั้งสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมบางชนิด เขตน้ำขึ้นน้ำลงซึ่งมหาสมุทรบรรจบกับพื้นดิน ถูกปกคลุมด้วยน้ำในช่วงน้ำขึ้นน้ำลง และเป็นพื้นที่บนบกในช่วงน้ำลง ทำให้สามารถรองรับพืชพรรณและชีวิตสัตว์ที่เป็นเอกลักษณ์
ป่าฝนแห่งท้องทะเล
แนวปะการังครอบคลุมเพียงส่วนเล็กๆ ของพื้นผิวโลก และมีเพียงเปอร์เซ็นต์ที่ใหญ่กว่าเล็กน้อยของก้นมหาสมุทร แต่ยังสนับสนุนสิ่งมีชีวิตในน้ำที่หลากหลาย ปะการังที่สร้างแนวปะการังมีอยู่เฉพาะในน่านน้ำกึ่งเขตร้อนและเขตร้อนที่ตื้นเท่านั้น ปะการังเป็นที่อยู่อาศัยของสาหร่ายที่สังเคราะห์แสงและได้รับอาหารส่วนใหญ่จากสาหร่ายเหล่านี้ ทำให้สามารถเจริญเติบโตได้เพียงพอเพื่อสร้างโครงสร้างขนาดใหญ่ที่สร้างที่อยู่อาศัยที่มีคุณค่า อุณหภูมิของน้ำที่สูงขึ้นและความเป็นกรดที่เพิ่มขึ้นของน้ำที่เชื่อมโยงกับการเพิ่มขึ้นของคาร์บอนไดออกไซด์เป็นภัยคุกคามที่ยิ่งใหญ่ที่สุดที่แนวปะการังเผชิญ ในระดับท้องถิ่น การเก็บเกี่ยวปะการังมากเกินไปและการจับปลามากเกินไปคุกคามแนวปะการัง เช่นเดียวกับชนิดพันธุ์ที่รุกรานและการไหลบ่าของมลพิษ
มองดูชายฝั่ง
เช่นเดียวกับแนวปะการัง บางครั้งปากแม่น้ำก็ถูกรวมกลุ่มกับมหาสมุทรเพื่อสร้างระบบนิเวศทางทะเล ปากแม่น้ำเกิดขึ้นที่น้ำเค็มจากมหาสมุทรและน้ำจืดที่ไหลมาจากแม่น้ำหรือลำธารมาบรรจบกัน ทำให้เกิดที่อยู่อาศัยที่มีเอกลักษณ์เฉพาะตัว รอบ ๆ น้ำที่มีความเข้มข้นของเกลือต่างกันและมีสารอาหารในระดับสูงที่เกิดจากตะกอนที่ตกตะกอนตามแม่น้ำหรือ ลำธาร
ทะเลสาบและบ่อน้ำ
ทะเลสาบและแอ่งน้ำ แหล่งน้ำที่มีพื้นที่ผิวน้ำและปริมาตรต่างกัน เรียกอีกอย่างว่าระบบนิเวศเลนติก และมีลักษณะเฉพาะโดยขาดการเคลื่อนตัวของน้ำ เช่นเดียวกับมหาสมุทร ทะเลสาบและบ่อน้ำแบ่งออกเป็นสี่โซนที่แตกต่างกัน: แนวชายฝั่ง ลิมเนติก ลุ่มลึก และหน้าดิน แสงทะลุผ่านส่วนบนสุดของสิ่งเหล่านี้ ซึ่งก็คือ littoral ซึ่งประกอบด้วยพืชที่ลอยและหยั่งราก โซนอื่น ๆ ก็มีบทบาทที่แตกต่างกันในระบบนิเวศ
น้ำจืดไหล
แม่น้ำ ลำธาร และลำห้วยจัดเป็นระบบนิเวศจำนวนมาก ระบบนิเวศเหล่านี้มีลักษณะเฉพาะคือน้ำจืดไหล ซึ่งเคลื่อนตัวไปยังแม่น้ำ ทะเลสาบ หรือมหาสมุทรที่ใหญ่กว่า และมีอยู่ในช่วงบางส่วนหรือตลอดทั้งปี เนื่องจากการไหลของน้ำ แม่น้ำและลำธารมักจะมีออกซิเจนมากกว่าญาติ lentic และมีสายพันธุ์ของโฮสต์ที่ปรับให้เข้ากับน้ำที่เคลื่อนที่ได้
ดินเปียกและพืชที่ชอบน้ำ
พื้นที่ชุ่มน้ำเป็นระบบนิเวศน้ำจืดที่มีลักษณะเด่นคือมีน้ำอยู่ ซึ่งอาจอยู่ลึกหลายฟุตหรือเพียงแค่ทำให้ดินอิ่มตัว มักมีความผันผวนตามฤดูกาล ดินบางประเภทที่เรียกว่าดินไฮดริกซึ่งแตกต่างจากดินและพันธุ์พืชอื่น ๆ ที่ปรับให้เข้ากับสภาพเปียกชื้นก็มีลักษณะเฉพาะของพื้นที่ชุ่มน้ำเช่นกัน พื้นที่ชุ่มน้ำมีความสำคัญมากในการควบคุมระดับน้ำ กรองน้ำ และปรับปรุงคุณภาพน้ำ ลดอันตรายจากอุทกภัย และจัดหาที่อยู่อาศัยอันมีค่าสำหรับพืชและสัตว์