กัมพูชามีอัตราการตัดไม้ทำลายป่าสูงเป็นอันดับสามของโลก โดยได้รับแรงบันดาลใจจากการเก็บเกี่ยวไม้และการตัดไม้อย่างชัดเจนเพื่อการเกษตร การตัดไม้ทำลายป่าทำลายแหล่งที่อยู่อาศัยและทำลายสมดุลของดินเขตร้อนที่ละเอียดอ่อน หากปราศจากต้นไม้ที่ยึดดินไว้กับที่และเติมอินทรียวัตถุด้วยเศษใบไม้ ดินจะสึกกร่อนอย่างรวดเร็วและสูญเสียความอุดมสมบูรณ์ไปมากในช่วงสองสามปีแรกของการเพาะปลูก
ระบบนิเวศชายฝั่งของกัมพูชา ซึ่งส่วนใหญ่เป็นป่าชายเลนซึ่งเป็นแหล่งวางไข่ที่สำคัญสำหรับปลาและการป้องกันน้ำท่วม ถูกคุกคามจากปัจจัยหลายประการ ระบบนิเวศชายฝั่งทะเลกำลังถูกตะกอนที่ถูกชะล้างออกจากพื้นที่ป่าที่เพิ่งถูกทำลายไปเมื่อเร็วๆ นี้ น้ำเหล่านี้ยังมีสารกำจัดศัตรูพืชและปุ๋ยที่เป็นอันตรายอีกด้วย ฟาร์มกุ้งที่มีการควบคุมไม่ดีทำให้ป่าชายเลนถูกชะล้างและปล่อยสารอาหารส่วนเกินลงสู่น้ำ ส่งผลให้สาหร่ายมีมากเกินไปและทำให้ระบบนิเวศหยุดชะงัก
ในขณะที่กัมพูชาเข้าสู่อุตสาหกรรม ผู้คนต่างหลั่งไหลเข้ามาในเขตเมือง ซึ่งเติบโตเร็วเกินกว่าที่โครงสร้างพื้นฐานด้านสุขอนามัยจะตามทัน หลายพื้นที่ไม่มีระบบระบายน้ำทิ้ง หรือระบบท่อระบายน้ำไม่สามารถทำงานได้อย่างดีที่สุด น้ำเสียและของเสียจากอุตสาหกรรมกำลังปนเปื้อนน้ำบาดาลและน้ำผิวดินในเขตเมืองหลายแห่ง ขยะมูลฝอยที่เป็นอันตรายมักพบทางเปิดหลุมฝังกลบที่สามารถชะลงสู่น้ำใต้ดินหรือลมพัดปลิวได้