Gelelektrofores är en av de viktigaste metoderna som används i molekylärbiologi för analys av DNA. Denna metod involverar migrering av fragment av DNA genom en gel, där de separeras på grundval av storlek eller form. Men även en vetenskapligt sund metod som gelelektrofores är inte immun mot fel.
Hur elektrofores fungerar
•••Jezperklauzen / iStock / Getty Images
Gelelektrofores innefattar användning av en gel som vanligtvis är gjord av polymerer såsom agaros. Gelén sänks ned i en buffertlösning som leder ett elektriskt fält. DNA-provet av intresse fragmenteras först med användning av restriktionsenzymer och injiceras sedan i gelén. När det elektriska fältet slås på migrerar DNA-fragmenten i gelén mot den positiva elektroden. Om DNA-fragmenten har olika storlekar kommer migreringstiderna att vara olika för varje storleksfragment. Fragmenten visualiseras sedan med användning av ett färgämne eller autoradiografi och är synliga som band i gelén.
Förorening av provet
•••aiaikawa / iStock / Getty Images
Den huvudsakliga tillämpningen av elektrofores är som ett verktyg för analys av DNA i molekylärbiologi, men det används också i kriminalteknik som ett sätt att identifiera prover från en brottsplats. Det är viktigt att felkällor i denna teknik minimeras för att få exakta resultat. En felkälla är kontaminering av DNA-provet. Om det finns främmande DNA i provet kommer gelén att ha fler band än vad som skulle finnas i en gel som endast innehåller det renade provet.
Problem med gel, ström och buffert
•••IndiaImages / iStock / Getty Images
Koncentrationen av gelén måste också vara korrekt för att undvika fel. Om koncentrationen är för hög eller för låg migrerar fragmenten antingen för långsamt eller för snabbt. Detta kommer att leda till fel vid lösning av olika band. Under elektroforeskörningen måste man se till att spänningen är stabil. Eventuella fluktuationer i spänningen kommer att resultera i ostadig migrering av DNA-fragment, vilket leder till fel vid läsning av banden. Buffertlösningen måste också ha rätt sammansättning, eftersom en buffert med fel pH eller jonkoncentration kommer att förändra DNA-fragmentens form och också ändra deras migrationstider.
Korrekt visualisering
•••Ingram Publishing / Ingram Publishing / Getty Images
Viktigast av allt måste gelén visualiseras ordentligt. Om koncentrationen av färgämnet eller den radioaktiva sonden som används för att visualisera proverna är för hög, blir den resulterande bilden väldigt rörig, eftersom återstående fragment också kommer att visualiseras. Om gelkoncentrationen är för låg blir det ingen visualisering. När korrekta processer har följts under alla steg kommer gelelektrofores att ge resultat som är korrekta och kan användas med stort förtroende. Som med alla vetenskapliga förfaranden kan gelelektrofores vara benägen för fel, men dessa kan minimeras med korrekt förberedelse och hantering.