Florida Keys ekosystem består av olika livsmiljöer, inklusive mangrover, korallrev och pinelands, som är rika på unika arter. Människor är också en del av ekosystemet, och deras aktiviteter påverkar alla livsmiljöer och de djur och växter som bor i dem. Keys-ekosystemet består av ett litet markområde, därför påverkas effekterna av mänskliga aktiviteter. Effekterna inkluderar vattenföroreningar, ökade invasiva arter, överfiske, negativa effekter från båtliv och stadsutveckling och global klimatförändring.
Människans befolkning i området som kallas Sydost Florida eller Florida Keys har vuxit med över 3,9 miljoner från 1970 till 2008. Apelsinlundar har gett plats för bostadsutveckling, bandgallerior, industri och motorvägar. Dessa förändringar har lett till förstörelse av naturliga livsmiljöer. Dessutom har vattenföroreningar ökat, orsakat av avloppsrening och septiskt överflöde och dagvattenavrinning som innehåller olja, bekämpningsmedel och tungmetaller ..
2010 var det 3,8 miljoner besökare på Keys. Många av dessa besökare bedrev aktiviteter som fiske. Förutom att turister och invånare bedriver dessa fritidsaktiviteter är kommersiellt fiske en stor industri i området. Överfiske har utarmat arter i Keys-ekosystemet, lämnat mindre fisk och förändrat interaktionerna mellan den komplexa matväven.
Båtliv i området har inte bara lett till direkta skador på manater orsakade av propellrar, men propellrar har också ärrat stora områden av havsgräs. Båtar går på grund och skadar korallreven när ankrar skrapar över dessa känsliga formationer. Mer än 500 jordning sker varje år i nycklarna. Detta förstör livsmiljön och påverkar negativt hela livsmedelskedjan, vilket leder till ytterligare artförlust.
När människor rör sig tar de med sig arter från andra områden som kan släppas ut i ekosystemet. Dessa arter kan ta bostad och eftersom de inte har några rovdjur blir de mycket framgångsrika, utkonkurrerande inhemska arter och förändrar dynamiken i hela ekosystemet. Invasiva djur och växter i Florida Keys inkluderar lionfish och Guinea gräs. Förutom alla dessa lokala direkta och indirekta effekter, förutses effekterna av den globala uppvärmningen att värma upp vattnet i området med 4 till 10 grader Fahrenheit och höja havsnivåerna, vilket möjligen orsakar förändringar som är för snabba för att ekosystemet ska reparera.