Den primära effekten av förstörelse av livsmiljöer är en minskning av biologisk mångfald, som hänvisar till variationen och överflödet av olika arter av djur och växter i en viss miljö. När ett djur förlorar det naturliga hem eller livsmiljö som det behöver för att överleva minskar antalet snabbt och det går mot utrotning. Det uppskattas att 14 000 till 35 000 arter riskerar att utrotas, och förstörelse av livsmiljöer är en av huvudorsakerna.
Pollinering och utsäde av utsäde
Både vilda växter och jordbruksväxter är beroende av pollinering för reproduktion. Frukt och grönsaker, viktiga komponenter i den mänskliga kosten, är beroende av bin och andra insekter för att överföra pollen från blomma till blomma. När förstörelse av livsmiljöer minskar sorterna av dessa pollinatorer, minskar skörden också. Till exempel stingless bin i Costa Rica som bara häckar i skogar ökar avkastningen i kaffeplantager som ligger nära skogsfläckar med 20 procent. Många växter är också beroende av djur, särskilt de som äter frukt, för utspridning av utsäde. Att förstöra livsmiljön för djur av denna typ kan allvarligt påverka de växtarter som är beroende av dem.
Klimatreglering
Den biologiska mångfalden påverkar klimatet främst genom reglering av mängden koldioxid i atmosfären. Förstörelse av skogsmiljöer minskar skogarnas förmåga att absorbera koldioxid. En växts tillväxthastighet och träighet bestämmer graden av kolomsättning inom den. Landskapsmönster är också viktiga eftersom kolbindning minskar vid kanterna av skogens fragment. Marina ekosystem spelar också en viktig roll i kolbindningen.
Skadedjurs- och sjukdomsbekämpning
Skadedjur riktar sig ofta mot specifika typer av växter. När livsmiljöer förstörs och växtdiversiteten minskas innehåller miljön mer av en viss typ av växt. Detta gör det lättare för skadedjur att spridas. Växtmångfald ger livsmiljöer för ett större antal insekter och andra djur och för skadedjurens naturliga fiender. Svampväxtsjukdomar är allvarligare i monokulturområden där en enda typ av gröda odlas.
Indirekta effekter
Produktionen av mat, kläder och skydd för människor beror på många indirekta sätt på ekosystemens biologiska mångfald. En hög mångfald av jordbruksgrödor skyddar jordbrukare mot grödofel. Förstörelse av livsmiljöer och minskning av artens mångfald kan göra ekosystemen mer utsatta för invasiva arter och indirekt påverka människors hälsa och välbefinnande. Effekten av invasiva arter illustreras av vad som hände när bas infördes i Gatun Lake, Panama. Förekomsten av bas resulterade i minskningen av rovdjur av mygglarver och en ökning av förekomsten av malaria.