Sedona-området var vid havsbotten för 330 miljoner år sedan, och skalen från havsdjur bildade ett lager kalksten som ligger bakom området idag, kallat kalkstenen Redwall på grund av dess färg, resultatet av järnoxid som deponerats i klipporna av vatten senare epoker. Supai-gruppen av röd sandsten, deponerad när området var en flodslätt för cirka 300 miljoner år sedan, sitter ovanpå Redwall Formation, till ett djup av cirka 600 fot. På toppen av det finns ett lager som kallas Eremitformationen, cirka 280 miljoner år gammal, gjord av sandsten, lera och konglomerat.
Ovanpå Eremitformationen finns ett lager som för 270 miljoner år sedan var kustdyner och nu är det rött sandsten upp till 700 fot tjockt på platser. Ytterligare två lager av sandsten täcktes sedan av ett lager kalksten som låg när havet återvände för cirka 255 miljoner år sedan och är känt som Kaibab-formationen.
Den så kallade Laramide-orogonyen - en bergsbyggnad som skapade Rocky Mountains mellan 80 miljoner och 35 för miljoner år sedan - lyfte upp Sedona-området och orsakade sprickor som gav kanaler för vatten som flödade från det nya berg. Vattenerosion vidgade sprickorna till breda dalar och lämnade bara öar med de ursprungliga lagren ovanför eremiten Formation, i form av röda butter, spiror och torn som nu omger Sedona som tysta vakter från en fjärrkontroll över.