Liksom de flesta biomer på jorden överlever savannens ekosystem på en känslig balans mellan miljöfaktorer och olika arter, inklusive människor. Allvarlig torka kan beröva dessa gräsmarker deras livgivande vatten och lövverk, medan tjuvjägar och ursprungsbefolkningar hotar ofta att störa matväven genom att döda djur för sport eller överlevnad.
Mänskliga aktiviteter
Mänskliga aktiviteter kan allvarligt hota att störa savannens ekosystem. Ohållbar vattenanvändning och bevattningsmetoder kan potentiellt torka ut livgivande floder och vattenhål. I regioner där ursprungsbefolkningen regelbundet inkluderar bushmeat - vildt kött - i sin kost har hovdjurpopulationerna minskat med märkbar hastighet. Några savannlivet jagas också som troféer; speciellt svarta noshörningar jagas efter sina värdefulla horn. Även vissa växtarter överskördas på grund av deras kommersiella värde. Sniderier gjorda av afrikansk svartved, ett savannträd, säljs ofta på turistmarknaderna.
Torka och kraftig bete
Långvarig, allvarlig torka har en farlig effekt på ett savann ekosystem, och bete mönster förvärrar denna effekt. Kombinationen av svår torka och bete kan förändra en gräsmark av främst ätliga, fleråriga gräs till en savanna som domineras av oätliga gräs och växter. Lätt betade gräsmarker bibehåller sin kvalitet på välsmakande, fleråriga gräsarter, men sammansättningen av växtarter kan ändras. Experter har efterlyst betesförvaltningslösningar under torkepisoder för att påverka riktningen för potentiell förändring mot gräsmarkens hållbarhet.
Ökenförstöring
Tropiska savannor gränsar ofta till torra ökenregioner och spridningen av ökenliknande förhållanden till torra gräsmarkområden kallas ökenförstöring. Detta hot mot ett savann ekosystem inkluderar effekter som orsakas av klimatförändringar, jordbruksmetoder, överbetning, aggressiv jordbruksbevattning, som sänker vattenbordets nivå bort från växtrötter, avskogning och erosion. Varje år blir över 46 000 kvadratkilometer afrikansk savanna öken. Plantering av torkresistenta växter kan stabilisera skiftande sanddyner och påbörja spridningen av ytterligare vegetation.
Koldioxidutsläpp
En undersökning från 2012 tillskrev stora ökningar av vedartad växtmassa "CO2-befruktningseffekten." Författarna föreslog att ökningen av graden av träig växttillväxt orsakades av ökande atmosfäriskt kol dioxid. En dramatisk ökning av mängden träd och buskar kan hota hela savannens ekosystem, eftersom dessa växter använder mer vatten än gräs. Naturvårdare i Namibia har rapporterat att träiga växter har hindrat både antilop och geparderna som jagar dem - en utveckling som kan ha okända konsekvenser över hela landet gräsmarker.