Kvinnliga ekorrar reproducerar genom parning och sedan föder levande unga. De kan börja parningsprocessen vid ett års ålder. Den första parningssäsongen börjar på senvintern, vanligtvis i slutet av februari. Säsongen kan pågå till maj. Den andra parningssäsongen inträffar i slutet av våren och varar till sensommaren. De flesta ekorrarter har två kullar; en i slutet av våren och en i slutet av sommaren. Vissa arter bär bara lite en gång per år. Ekornarna kallas kattungar.
Kvinnliga ekorrar avger en stark doft som den manliga ekorren kan upptäcka. När den manliga ekorren doftar kvinnan kommer han att jaga henne i höga hastigheter genom träd. Han kommer också att slå barken på trädet högt med sina tassar. Om mer än en man jagar en kvinna, försöker hanarna ofta också jaga varandra. Detta resulterar i fantastisk akrobatik genom träden. Honan väljer den starkaste hanen att para sig med. Hon kommer att kunna känna igen honom från och med den dagen och kommer att bry sig om att aldrig paras med honom igen. Efter parning lämnar den manliga ekorren för gott. Han har ingenting att göra med uppfödningen av kattungarna.
Den genomsnittliga kullen i en ekorre består av två till fem kattungar. Dräktighetsperioden är ungefär sex veckor, även om vissa arter av ekorre har en dräktighetstid så kort som fyra veckor och andra så lång som åtta veckor, såsom grå och rävekorren.
Ekorrar eller kattungar är små vid födseln. De väger cirka en uns och är ungefär en tum långa. De är hårlösa, utan tänder och är nästan blinda under de första en till två månaderna av livet. De växer dock snabbt och vanligtvis avvänjas helt efter tio veckors ålder. När de är fyra månader gamla har de flesta babyekorrar lämnat sin mors bo för gott.