Alla levande organismer har en plats i livsmedelskedjan, strukturerad kring överföringen av livsuppehållande energi genom ett ekosystem: från solljus till växt till kanin till bobcat till mage, för att göra det enkelt exempel. Eftersom denna energiöverföring innebär att medlemmar i livsmedelskedjan interagerar med varandra och deras miljö i ett komplext, sammankopplat ekologiskt system kan utrotning av en art ha en kaskad effekt på andra.
Ökad rovbefolkning
När en rovdjur blir hotad eller utrotad tar detta bort en kontroll och balans i livsmedelskedjan på den rovpopulation som tidigare konsumerats av det rovdjuret. Följaktligen kan rovpopulationen explodera. Till exempel den enorma ökningen av vita tailed hjortpopulationer i centrala och östra USA under senare hälften av 1900-talet härrör sannolikt delvis från minskade eller helt eliminerade bestånd av rådjur, nämligen vargar och pumor. Överbläddring som ett resultat av ett sådant alltför stort antal hjortar kan omvandla sammansättningen av växtsamhällen och påverka skogens förnyelse negativt.
Krusningseffekt på andra arter
Risk för eller utrotning av en art kan hota livskraften för en annan art. I Storbritannien, till exempel, rasade myrpopulationen som ett resultat av färre får som betade på betesmarker; fåren hade tidigare hållit gräset kort, den röda myrans preferens för livsmiljö. I sin tur ledde bristen på röda myror till utrotningen av en stor fjärilsart som äter röda myrägg som en del av sin livscykel. Störningar i livsmedelskedjan från förlusten av en enda art kan också vara ekosystemövergripande: När havsuttrar minskar kan populationer av sjöborrar, en föredragen uttermat, explodera. Den resulterande överbefolkningen av kelp-munchborre kan under tiden minska kelpskogar, vilket hotar många marina arter som är beroende av denna livsmiljö.
Minskad biologisk mångfald
Övergripande instabilitet i ekosystem på grund av minskad biologisk mångfald hör till konsekvenserna av utrotning av arter. Eftersom antalet arter i en livsmedelskedja minskar finns det färre hållbara alternativ för medlemmar i livsmedelskedjan som var beroende av den utdöda arten. Biodiversitet ger också en genetisk variation till en befolkning, vilket hjälper den att anpassa sig till fluktuerande miljöförhållanden. Till exempel en studie av tropiska regnskogar i Västafrika som genomfördes av ekologer vid Leeds University mellan 1990 och 2010 föreslog att biologisk mångfald mildrar effekterna av klimatförändringar och hjälper trädslag att anpassa sig till torka betingelser.
Stört livsmiljö
Utrotning av djur- eller fågelarter i livsmedelskedjan kan också förändra den fysiska miljön. Till exempel utplånade oavsiktlig introduktion av den rovbruna trädormen till Guam 10 av de 12 infödda fågelarter på ön som orsakar säkerhetsskador på skogen, enligt ett universitet i Washington studie. Biologer fann att utrotningen av fåglarna hade en negativ inverkan på trädbestämning, frögroning och utspridning av utsäde. Utan fåglar för att sprida frön kan det bara finnas några klumpar av monoträd i Guams framtid, som i grunden förändrar skogens livsmiljö.