Livet har blomstrat i de Costa Ricas regnskogar och marina miljöer (en av 20 av alla växt- och djurarter finns i Costa Rica), men det finns också över 100 arter på International Union for the Conservation of Nature and Natural Resources hoted species lista. Avskogning, omvandling av livsmiljöer och föroreningar är orsakarna bakom många arts dämpning.
Däggdjur
Costa Rica har en av de rikaste populationerna av fladdermöss i världen, som består av hälften av däggdjurspopulationen. Fladdermusarter på listan sträcker sig från den stora rovfärgade fladdermusen till den honduranska vita fladdermusen, bara cirka 37 till 47 mm långa, även om båda har låg risk. Feliner som den lilla fläckiga katten, Costa Ricas puma och centralamerikanska jaguar har jagats från sina livsmiljöer och tamarin på bomullstopp, mantlad tjur och Geoffroys primater med spindelapa har minskat kraftigt. Andra hotade däggdjur inkluderar den jätte anteater, Sambar rådjur och Bairds tapir.
Fåglar
Costa Rica är hem för 894 fågelarter, mer än i USA och Kanada tillsammans. Av dessa är över 600 permanent bosatta, inklusive den hotade nakenhalsade paraplyfågeln, svart guan och blå-och-guld-tanager, men fåglar som den cerulean sångaren och den eleganta tärnan flyttar. Cocos Island finken ligger på Cocos Island 360 miles utanför Costa Ricas kust. Det är den enda av Darwins finkar som inte är helt endemisk mot Galápagos. Andra hotade fåglar inkluderar bekanta arter som örnen (svart ensamörn), ara (storgrön ara), kolibri (mangrove kolibri) och papegoja (papegoja med röd front).
Reptiler och amfibier
Den femkilade taggiga iguana och den smalbryggade lera-sköldpaddan är några av reptilerna som är hotade, men det finns många fler hotade amfibier, varav de flesta är grodor eller salamandrar som vanligtvis representeras av stor mångfald i regnskogen miljöer. Lemurbladgrodan och Starrett's treefrog listas som kritiskt hotade. Så är El Empalme masksalamander och två arter av paddor: Pico blanco paddan och passera stubfoot padda. Monte Verde gyllene padda har inte sett sedan 1989 och anses vara utrotad.
Fisk
De flesta Costa Ricas fiskar på listan över hotade arter är antingen nära hotade eller utsatta. Dessa inkluderar olivolja, havshäst i Stilla havet och kronhaj. Ett antal strålar finns också på listan, såsom bullseye-elektrisk stråle i Stilla havet och cownose-strålen i Atlanten.
Ryggradslösa djur
Det finns ett antal hotade skuggdamlar, insekter som liknar sländor. Dessa inkluderar svartrygg, långsträckta, chiriquita, kakao och reventazon arter. Många av de andra hotade insekterna är knoppade trollsländor som limon, puckel, catago, vulkan, alajuela och hornade arter. Två arter av sötvattenkrabbor och flera marina koraller kom också på IUCN-listan.
Växter
Det finns över 9000 kända arter av växter i Costa Rica. Utrotningshotade växter inkluderar medlemmar av baljväxtsfamiljen, såsom abarema och lancepoden, av vilken den senare hämtar sitt namn från sin lansliknande frukt. Det finns också 24 arter av den blommande växten eugenia, nio arter av den aromatiska växten quararibea och två arter av släktet virola, som är nära besläktat med muskotnötet och har gula blommor med en skarp odör. Andra stora hotade släktingar inkluderar korallbäret, fläkten palm cryosophila och den vintergröna eller torra säsongen lövträd cedrela. Costa Ricas jatropha, manilkaraträd och gavilán blanco-träd är specifikt hotade växtarter.