Kambodja har den tredje högsta avskogningsgraden i världen, motiverad av timmerskörd och tydlig för jordbruket. Avskogning förstör livsmiljöer och stör balansen mellan känsliga tropiska jordar. Utan träd som håller jorden på plats och fyller på organiskt material med lövavfall, eroderar jorden snabbt och förlorar mycket av sin fertilitet under de första odlingsåren.
Kambodjas kustekosystem, varav många är mangroveskogar som ger viktiga lekplatser för fisk och skydd mot översvämningar, hotas av flera faktorer. Kustekosystemen kvävs av sediment som spolas loss från nyligen avskogade områden inåt landet. Dessa vatten bär också farliga bekämpningsmedel och gödningsmedel. Dåligt reglerade räkodlingar gör att mangrover rensas och släpper ut överflödiga näringsämnen i vattnet, vilket resulterar i överväxt av alger och störningar i ekosystemet.
När Kambodja industrialiserar flödar människor till stadsområden, som växer för snabbt för att sanitetsinfrastrukturen ska kunna följa med. Många områden har inga avloppssystem, eller de är i bästa fall dysfunktionella. Avlopp och industriellt avlopp förorenar grundvatten och ytvatten i många stadsområden. Farligt fast avfall hittar ofta vägen till öppna deponier där det kan läcka ut i grundvatten eller blåses av vinden.