Вестерн блот је један од најчешћих поступака у биохемијским лабораторијама. У основи, он раздваја протеине од узорка по величини, а затим тестира помоћу антитела да би утврдио да ли је дати протеин присутан. Корисна је не само у истраживањима већ и у медицинским или дијагностичким лабораторијама; тестови и за ХИВ и за лајмску болест, на пример, укључују тест ензима повезаног имуносорбентног теста (ЕЛИСА), праћен Вестерн блот-ом ако су ЕЛИСА тестови позитивни. Упркос популарности, Вестерн блотинг има неколико недостатака.
Неквантитативни
Класичне западњачке мрље су неквантитативне. Другим речима, иако могу да кажу истраживачима да ли је одређени протеин присутан, они не омогућавају квантификовање количине протеина. Неке биотехнолошке компаније сада продају комплете који омогућавају истраживачима или лабораторијским техничарима да квантификују количину протеин присутан помоћу стандардне криве - али ово делује само ако су чисти узорци истог протеина доступан. Штавише, молекуларна тежина протеина може се проценити само Вестерн блот-ом, уместо да се одреди тачно као код масене спектрометрије.
Антитела
Вестерн блот се може изводити само ако су доступна примарна антитела против протеина од интереса. Иако су антитела за много различитих протеина доступна у биотехнолошким компанијама, она нису јефтина; ако примарна антитела нису доступна за дати протеин, неће бити могуће извршити Вестерн блот у потрази за тим одређеним протеином. Штавише, истраживачи ће можда желети да утврде да ли је протеин на неки начин модификован - ако је фосфорилисан (имао фосфатна група везана за њу), на пример - и са Вестерн блот техником потребна су антитела специфична за модификоване беланчевина.
обука
Може бити изазов правилно извршити Вестерн блот и постићи добре резултате, тако да особље мора бити добро обучено. У овоме, као и у многим другим случајевима, искуство је можда најбољи учитељ; чак и за искусног техничара, Вестерн блот одузима пуно времена. На пример, за део експеримента са гел-електрофорезом обично ће требати од једног до два сата. И други задаци се могу изводити док гел ради, наравно, али експеримент ипак треба прилично времена да се добију резултати.
Остала ограничења
Антитела могу понекад показивати неко ванциљно везивање, што може довести до лошијих резултата. Штавише, код Вестерн блот-а користите антитело против одређеног протеина, тако да ће вам резултати рећи само да ли је тај протеин присутан. Супротно томе, масена спектрометрија високе резолуције открива све протеине који су присутни у узорку и за разлику од класичног Вестерн блот-а је квантитативна. Важно је запамтити, наравно, да је масена спектрометрија много скупља и такође технички изазовнија за употребу у поређењу са Вестерн блот-ом.