Клонирање је вруће етичко питање у научној заједници, али бактерије се стално клонирају. У процесу који се назива бинарна фисија, једна бактерија удвостручује своју величину и генетски материјал, а затим се раздваја дајући две идентичне ћелије.
У поређењу са еукариотском поделом ћелија или митозом, бинарна фисија је релативно једноставан процес. Прво, бактерија копира своју ДНК - генетски материјал који је у бактеријама кружан. ДНК даје све информације потребне за стварање идентичне ћелије. ДНК се затим раздваја на супротним крајевима ћелије, а протеини неопходни за поделу ћелија окупљају се у центру ћелије. Бактерија обично удвостручује своју унутарћелијску течност, која се назива цитоплазма. Протеини цепају ћелију на два дела, а код већине бактерија изграђен је нови ћелијски зид који довршава поделу.
Предност бинарне фисије из перспективе бактерија је у томе што је брза и једноставна. Из перспективе контроле и превенције болести, бинарна фисија је корисна јер поједностављује производњу лекова. За лечење бактеријске инфекције обично је потребан само један лек, јер су све бактерије идентичне и реаговаће на исти начин. На несрећу, међутим, неке бактерије развијају резистенцију на лекове мутацијом што чини инфекције много тежим за лечење.