Слатководно и морско окружење означава примарни прекид у воденим екосистемима; морско окружење садржи висок ниво сланости (концентрација соли), док слатководна подручја обично садрже мање од 1 процента. Слатководни екосистеми укључују баре и језера, као и реке и потоке. Морски екосистеми укључују океане и коралне гребене.
Рибњаци и језера
Рибњаци и језера су релативно мирне водене површине са мало или нимало струје, углавном изоловане од других водних тијела као што су реке и океани. Подијељени су у три различите зоне: приморску, лимнетску и темељну. Приморски појас чини оно што је најближе обали. Са великом изложеношћу сунчевој светлости и плитким водама, ово је обично биолошки најразноврсније подручје у датом језеру или рибњаку, у којима борави неколико врста водоземаца, водених птица, ракова, инсеката, риба и алги, као и плутајућих и укорењених биљке. Лимнетичка зона обухвата подручје језера / рибњака које је даље од обале, а најближе је површини воде. Ово подручје је мање разнолико од приморске зоне, али више од темељне зоне због високог нивоа изложености сунцу. Просторска зона обухвата најдубље подручје рибњака или језера. Профундалним животом готово искључиво доминирају бактерије и планктон који се распадају.
Реке и потоци
Реке и потоци су покретне водене површине које теку из извора, попут извора или топљења глечер, до ушћа, које би могло бити на океану, већем потоку или реци или некој другој врсти резервоар. Како вода путује од извора до уста, окружење екосистема се драстично мења. Извор потока или реке има највиши ниво чистоће и садржаја кисеоника. Током своје стазе вода која јури сакупља остатке у својој струји; док вода стигне до уста, вода постаје мутна. Као резултат, мало сунчеве светлости продире на површину и биљни живот је оскудан. На овим подручјима успијевају врсте риба попут сома, које могу преживјети у условима слабог кисеоника.
Океани
Океани су неки од најразноврснијих и географски најпространијих екосистема на земљи. Екосистеми океана подељени су у четири зоне: међуплима, пелагични, бентоски и бездан. Интердидална зона обухвата регионе у којима се океанске воде сусрећу са копном. Ова зона је врло динамична због сталног деловања плиме и осеке. Као опште правило, разноликост врста је већа у интердидалним зонама које су најчешће потопљене водом. Слично лимнетској зони у језерима, пелагична зона обухвата отворени океан удаљен од обале, али још ближе површини воде. Разноврсне рибе, водене биљке и већи сисари насељавају овај регион. Бентоска и понорница чине другу по дубини и најдубљу регију океана. Због екстремног притиска, мрака и хладних температура, ове зоне имају врло различите облике живота. Да би преживеле потпуни недостатак сунчеве светлости, биљке и бактерије у понорној зони сакупљају хемијску енергију из термалних отвора испод површине дна океана.
Корални гребени
Екосистеми коралних гребена налазе се у океану; али се због свог физичког и биолошког састава веома разликују од осталих морских екосистема. Кораљни гребени се формирају у плитким водама са топлим температурама. Многи од ових екосистема су се формирали дуж обала континената. Иако се може чинити као огромна стена, корални гребен се заправо састоји од колонија живих животиња које се учвршћују у тврду, калцијум карбонатну љуску. Ове колоније имају симбиотски однос са зооксантелама, врстом алги које живе унутар и обезбеђују храну за корале. Иако обухватају релативно мало подручја, корални гребени су неки од биолошки најразноврснијих екосистема на земљи. Огромна разноликост спужви, ракова, морских анемона, риба, алги, водених биљака и инсеката живи искључиво у екосистемима коралних гребена.