Позната по свом биодиверзитету, Малезија је дом за 15.000 цветних биљака. Међутим, национална флора и фауна су под озбиљном претњом и искусили су 70-одстотно смањење изворног раста. Према Црвеној листи Међународне уније за заштиту природе (ИУЦН), Малезија има 686 угрожених биљних врста од 2007. године. Малезијски закони штите птице, сисаре и инсекте. Флора и фауна заштићене су само ако расту у оквиру националног парка или резервата.
Главни типови шума у Малезији су Гиам Канцхинг или ретка шума диптероцарп-а, шума мангрова, тресетна мочварна шума и горска ерицацеоус шума, према Светском фонду за дивље животиње. Дрво диптероцарп, познато по плоду са двокрилним семеном, расте на копну које је тик изнад нивоа мора до надморске висине од приближно 900 метара. Низинске диптерокарпове шуме, које се налазе и до 300 метара надморске висине, десетковане су услед пољопривреде и других земљишно интензивних активности. Иако су џепови стабала диптерокарпа заштићени у шумском резервату Канцхинг, ова врста се сматра критично угроженом - на ивици изумирања - на Црвеној листи.
Ова месоједа тропска биљка расте само у маховинским шумама на висини од 2.000 до 2.600 метара на планини Трус Мади на Борнеу. Непентхес мацропхилла има листове у облику крчага који се висе од десет метара дуге лозе. Инсекти клизе са воштаног врха цвета у базен киселине коју луче жлезде у доњем делу цвета, према АСЕАН-овом Прегледу биодиверзитета и очувању животне средине. Црвена листа ИУЦН-а категоризовала је Непентхес мацропхилла као критично угрожену.
На Црвеној листи, која се сматра критично угроженом, Такитхелиелла рицхардсии је маховина из породице Сематопхиллацеае и пореклом је из Малезије. Једино познато подручје (мање од 10 км²) где је маховина пронађена налази се у Сараваку, малезијској држави на северозападу Борнеа. Такитхелиелла рицхардсии расте на дрвенастим лозама и трулим балванима у суптропским шумама, станишту које нестаје услед сече и сече дрвета.
