Енергија и хранљиве материје или хемикалије протјечу кроз екосистем. Док енергија тече кроз екосистем и не може се рециклирати, хранљиве материје круже унутар екосистема и поново се користе. И проток енергије и хемијски циклус помажу у дефинисању структуре и динамике екосистема.
Примарни произвођачи
Примарни произвођачи попут биљака или фитопланктона користе сунчеву енергију за синтезу шећера путем фотосинтезе и извори су све енергије у екосистему. Примарним произвођачима су такође потребни хранљиви састојци или хемикалије попут азота, фосфора и гвожђа за раст. Хранљиве материје и шећери доступни су примарним потрошачима, биљоједима који једу примарне произвођаче и секундарним потрошачима, предаторима који једу примарне потрошаче.
Вожња бициклом
Енергија која тече кроз екосистем не може се рециклирати. Потрошачи користе шећере, масти и протеине које узимају из других организама као извор енергије за раст и одржавање својих ћелија. Део ове енергије губе као топлоту. Хранљиве материје се рециклирају разградњом. Када примарни произвођачи или потрошачи умру, гљивице и други разлагачи добијају енергију разграђујући их остаци и у процесу враћају кључне хранљиве састојке попут азота у земљиште како би их примарни произвођачи могли користити њих.
Разматрања
Доступност енергије и хранљивих састојака може ограничити продуктивност екосистема. На пример, у отвореном океану светлости има на површини, али ниже ниже. Штавише, хранљивих састојака попут азота и гвожђа такође је мало, па је продуктивност ограничена. У регионима океана где узвишење доноси хранљиве састојке на површину - као, на пример, на обали Чилеа у годинама које нису Ел Нино - продуктивност се повећава.