Кораљни гребени су калцификоване морске структуре формиране од егзоскелета корала и три главне врсте биљака које са коралним гребенима комуницирају су алге, морске траве и мангрове, с тим да су алге подељене на црвене и зелене сорте. Многе од ових морских биљака користе кораљне гребене. Екосистеми коралних гребена такође укључују широк спектар фауне и неки су од најживљих екосистема на Земљи.
Црвене алге и корални гребени
Одређена врста црвених алги названа коралинске алге може имати главну улогу у јачању стабилности коралног гребена. Коралине алге депонују заштитни калцијум у својим ћелијским зидовима, а ове опточене алге делују на цементирање различитих корала, побољшавајући структуру гребена. Геницулате цораллинес имају инкрустрирану структуру налик дрвету која је донекле флексибилна због присуства неких некалцификованих подручја. Ненгеличасте коралине су споро растуће коре које се поред корала могу прикачити на стене, шкољке, друге алге и морске траве.
Зелене алге и корални гребени
Зелене алге чине још једну скупину морских биљака које су се прилагодиле да преживе на коралним гребенима. У ствари, кораљно зелене алге су толико успешне у одређеним областима да заправо постају претња својим домаћинима. Када је однос коралног гребена и зелених алги у равнотежи, алге расту на гребену и дају храну рибама на испаши. Међутим, када велики прилив хранљивих састојака стигне у облику приобалних отпадних вода, заједница алги постаје прекомерна, експлодира у величини и последично смањује присуство бактерија корисних за корале, истовремено подстичући раст штетних бактерија.
Морске траве и корални гребени
Као део важне еколошке тросмерне интеракције са коралним гребенима и мангровима, морске траве обично успевају у обалним стаништима. Воде заштићене коралним гребенима од океанских таласа омогућавају морским травама да пуштају корене, а морске траве заузврат полако спусти и ухвати седименте, спречавајући да оптерећење седимента у води постане превисоко за корале преживети. Ливаде морске траве могу садржати неколико различитих врста и досежу само дубине које захтевају фотосинтеза.
Мангрове и корални гребени
Попут морских трава, мангрове цветају као резултат заштите од насилних океанских таласа које нуде корални гребени. Мангрове користе и морским травама и коралним гребенима првенствено ублажавањем ерозије обале и тиме спречавањем уласка штетних количина седимента у обалне воде. Шуме мангрова такође делују као заштитна зона за отицање загађења, посебно канализацију богату храњивим састојцима која може пореметити еколошку равнотежу система коралних гребена - ливаде морске траве - шума мангрове. Морски корени мангрова такође делују као критични расадници бројних приобалних врста риба.
